健跳鎮中心國小原名琴江國小，創辦於一九二八年，當時，校址設在祖師殿，學生二十幾人，學資由關稅收入支付。一九三○年，校址遷至上衙門。一九三八年，稱區立國小，發展至三班，在校學生七十三人，教員四人，校長龔國光。一九四二年，更名琴江鄉中心國小。
歷史沿革,獲得榮譽,
歷史沿革
一九四九年二月，三門解放，人民政府接管學校。這年秋，更名健跳國小。一九五一年，更名為六敖區第二中心國小。一九五四年，更名為健跳鄉中心國小。一九五八年，更名為健跳公社中心國小。一九六一年秋並大區，更名為健跳區中心國小，發展至七班，在校學生三百四十五人，教師十三人。翌年，更建戚公祠為校舍。一九六三年秋，分設輔導區，復稱健跳公社中心國小。一九八三年健跳改鎮，更名健跳鎮中心國小，直屬縣教育局管。翌年秋，復並六敖區，一九八九年秋，縣局定我校為六敖區中心國小，教職工三十七人。
二○○○年，中心校下屬學校開始撤併，二○○四年，岙口中學撤併，校舍歸國小所有，自此，健跳鎮中心國小分港北、港南兩個校區。
獲得榮譽
2006與2007兩學年，學校連續獲教育質量進步顯著獎，並先後被評為“市關心下一代先進集體”、“市綠色學校”、“市平安校園”、“市留守兒童之家”、“市藝術教育特色學校”等榮譽稱號。
