明洪武初年其父因犯法被充軍福建。幼年家境清苦，發憤苦讀，以優異成績成為膠水縣學生員，20歲時“以高等貢入太學”，被選送中央國子監（俗稱太學）學習，明太祖對“國子生”要求十分嚴格，初選合格即可直接參加全國最高一級的科舉考試。洪武十八年（1385）全國會試，侯庸考中第二十二名進士，被選授為負責“補闋拾遺，稽查六部諸司之事”的吏科給事中，成為受皇帝信任的監察官員。侯庸出仕後，其父仍在戍所，他便向皇帝提出願以自己的官職為父贖罪，明太祖立即準奏，並命侯庸親往戍所迎其父，皇太子朱標又特命侯庸“乘傳”（沿途由驛站備車馬）前往，侯庸星夜趕赴福建，將其父接回南京。此事成為當時朝廷盛傳的一大新聞。不久，侯庸升任吏部侍郎。洪武后期，侯庸長期代行尚書之職，掌握選拔考察天下文官的“銓衡”大權，以居官清廉敏於政事得以久任，政績卓著，被譽為明初吏部名臣。昔日平度城西有侯庸墓，今河窪村侯姓為侯庸之後裔。
