依賴特徵序列法是依據轉錄子內部及其兩側的序列特徵直接從基因組DNA中分離cDNA片段，主要有CpG島搜尋法、外顯子捕獲法、交叉物種序列同源性比較法、AluPCR法與直接序列分析法等。CpG島也稱為HTF島，是一些富含GC的小區域。大部分轉錄子的附近(通常是在5′上游區域)都含有非甲基化的CpG島。
利用一些識別CpG島的稀有酶，如SacⅡ、BssHⅡ、EagⅠ等，切割基因組DNA，獲得位於CpG島附近的序列作為探針從總RNA或cDNA文庫中得到轉錄子。外顯子捕獲法是基於對外顯子兩側的功能性5′和3′剪接位點的識別，從基因組DNA中分離外顯子片段。
