早年與家庭
伊莎貝爾·克拉拉·歐亨妮亞於1566年在西班牙塞戈維亞巴爾賽恩王家宮殿(Palacio Real de Valsain)出生,是西班牙國王腓力二世和其第三任妻子法國公主伊莉莎白的長女。據說,腓力二世因女兒的誕生而欣喜萬分,並稱此時此刻自己比有了兒子還要高興。當時,腓力已經有了一個男性繼承人阿斯圖里亞斯親王卡洛斯,卡洛斯是腓力與第一任妻子葡萄牙的瑪麗亞·曼努埃拉公主的兒子,不過,父子二人關係很差,並經常發生爭執。
伊莎貝爾的母親本與卡洛斯訂婚,但複雜的政治形勢使她出乎意料地成為了腓力二世的妻子。雖然這對夫婦年齡相差懸殊,但腓力還是很依戀伊莉莎白,就算伊莉莎白得了天花,也要緊緊呆在妻子的身邊。1564年,伊莉莎白第一次懷孕,是對雙胞胎女兒,但不幸流產。她後來於1566年8月12日生下伊莎貝爾·克拉拉·歐亨妮亞,然後又於1567年10月10日生下伊莎貝爾的妹妹卡塔利娜·米卡埃拉。1568年,伊莉莎白流產了一個女嬰,並於同日去世。
伊莎貝爾和妹妹卡塔利娜·米凱拉一起長大,兩人深受父親和繼母奧地利的安娜的喜愛。腓力與安娜育有五名子女,但除了他的繼承人腓力三世,其餘的孩子全部早夭。腓力二世很疼子女,他給女兒們寫了很多封信,從這些信中可以看出他對她們深深的眷戀,而且,他在每封信上都用親切地口吻寫著“你的好父親”。腓力只允許讓伊莎貝爾一個人協助他工作,伊莎貝爾會幫腓力整理檔案,還會幫助他把用義大利語書寫的公文翻譯成西班牙語。伊莎貝爾跟她父親的關係格外親密,這種狀態一直維持到其父於1598年9月13日離世,在腓力生命的最後三年里,伊莎貝爾是父親的主要照顧人,當時,腓力飽受痛風和疾病的折磨。
婚姻計畫
伊莎貝爾自兩歲時起就被許諾嫁給她的堂哥——神聖羅馬帝國皇帝魯道夫二世,後者是神聖羅馬帝國皇帝馬克西米利安二世和她的姑姑瑪麗亞的兒子。不過,在伊莎貝爾等待了二十多年後,古怪的魯道夫皇帝才宣布他無意與任何人結婚。1589年8月2日,伊莎貝爾的舅舅法王亨利三世被一位狂熱的年輕僧侶雅克·克雷芒暗殺,腓力二世隨即為伊莎貝爾宣稱法國王位,哪怕當時法國執行的是禁止女性後裔繼承的薩利克法。而且,伊莎貝爾的母親在與腓力二世結婚時就放棄了法國王位繼承權。但由基督教黨掌控的巴黎高等法院卻裁定伊莎貝爾·克拉拉·歐亨妮亞是法國的“合法元首”。不過納瓦拉國王亨利三世卻是法國傳統繼承法規定的合法法王,他最終收回了王位並皈依了天主教,且於1594年加冕,稱法王亨利四世。
腓力二世決定將西屬尼德蘭轉讓給伊莎貝爾,但條件是她必須與堂親奧地利大公阿爾布雷希特七世成婚。他們將以公爵(或伯爵)和女公爵(女伯爵)的身份共同統治尼德蘭。該權利可按照男性優先的長子繼承法在他們的後嗣中傳承,但如果繼承人是女性,那么這位女繼承人就必須與西班牙國王或西班牙國王選定之人結婚。同時它還規定,如果他們沒有子女,尼德蘭將在任何一方去世後重歸西班牙國王所有。1599年4月18日,33歲的伊莎貝爾與魯道夫二世的弟弟阿爾布雷希特結婚。阿爾布雷希特是十七省聯合元首,曾任葡萄牙總督。由於阿爾布雷希特同時也是托萊多大主教,因此他必須在婚禮舉行前還俗。在腓力二世於1598年9月13日去世前不久,他謝絕了尼德蘭王位,轉而支持伊莎貝爾及其未婚夫。
執政尼德蘭
從1601年起,這對夫婦便開始共同統治西屬尼德蘭,在阿爾布雷希特去世後,伊莎貝爾又被任命為尼德蘭總督,代表西班牙國王治理此地。伊莎貝爾和阿爾布雷希特統治西屬尼德蘭時恰逢此地在歷史上的關鍵期,在這對夫婦的統治下,西屬尼德蘭進入了黃金時代。經過四十多年戰亂的蹂躪,伊莎貝爾夫婦為南尼德蘭地區經濟的恢復帶來了一段亟需的和平和穩定時期。除了發展生產和繁榮經濟外,這對夫婦還激勵南尼德蘭地區獨立發展。他們鞏固了哈布斯堡家族在南尼德蘭地區的權威,並在很大程度上成功地調和了以往的反西班牙情緒。
當伊莎貝爾夫婦清楚地意識到獨立不可行時,便開始著手讓南部各省重新回歸到西班牙的統治下。為了實現這一目標,並讓佛蘭德斯各階層均知曉他們的政治目的,伊莎貝爾和阿爾布雷希特使用了最多樣化的大眾傳播工具。隨著巴洛克風格在反宗教改革運動中的流行,視覺藝術成為了最完美的媒介。因此這對夫婦開始大力支持藝術創作,他們資助的藝術家包括彼得·保羅·魯本斯和小彼得·勃魯蓋爾,南尼德蘭地區也由此進入了黃金時代。這一點,再加上當時的政治格局,使得伊莎貝爾夫婦在布魯塞爾的宮廷一躍為當時歐洲最重要的政治和藝術中心之一。此地成為了西班牙君主規劃歐洲的實驗田,到處都聚集了形形色色的人:從藝術家、外交官到叛逃者、間諜和心懷愧疚的叛徒,從西班牙懺悔神父、義大利顧問、勃艮第官員、英國音樂家、德國保鏢到比利時貴族。1604年倫敦條約和二十年停戰協定也是在這對夫婦的積極周旋下達成的。布魯塞爾成為了連線哈布斯堡家族在各處宮廷的重要一環,馬德里、維也納、巴黎、倫敦、里斯本、格拉茨、因斯布魯克、布拉格和海牙之間的外交渠道也可以說是貫穿此地。
當阿爾布雷希特於1621年去世後,伊莎貝爾加入了世俗方濟會,並被西班牙國王任命為西屬尼德蘭總督。該職位於1633年由她的異母弟——西班牙國王腓力三世的第三子斐迪南樞機大公接任。成為修女後,伊莎貝爾與姑姑瑪麗亞皇后生活在一起,並捐了許多藝術作品給修道院,其中包括一系列著名的布魯塞爾掛毯。這套掛毯由魯本斯設計,並將伊莎貝爾描繪成通體發光的聖亞西西的嘉勒的守護者。