任間，男，博士，中山大學生命科學學院、超級計算學院、附屬腫瘤醫院，教授、博導。中山大學生物信息學中心主任，廣東省首批自然科學傑出青年基金獲得者，教育部新世紀優秀人才。
基本介紹
- 中文名：任間
- 國籍：中國
- 民族：漢
- 出生地：安徽
- 出生日期：1980.2.6
- 職業：中山大學生命科學學院教授
- 畢業院校：上海交通大學 中國科學技術大學
- 性別：男
個人簡歷,教育及工作經歷,論文與獲獎情況,科研成果,
個人簡歷
1998至2002年就讀於上海交通大學動力與能源工程學院，獲核工程與核技術專業學士學位。2002至2007年在中國科學技術大學近代物理系金革教授實驗室攻讀博士期間參與國家大科學工程項目"大天區面積多目標光纖光譜望遠鏡"（LAMOST），並承擔其中的巡天戰略系統的研發工作，在計算機算法和大型工程軟體設計開發方面具有豐富的經驗。2007年7月獲得物理電子學工學博士學位之後進入中國科學技術大學生命科學學院溫龍平研究組進行博士後研究工作,將計算機和天文學算法以及工程學思想成功運用到生物信息學領域，在蛋白質組生物信息學方面取得了豐富成果。主要包括設計出高效的GPS（Group-based Prediction System）預測算法，並基於該算法開發出十多種蛋白質翻譯後修飾位點預測工具，此外還構建多個蛋白質相關資料庫及輔助工具。2010 年3月獲中山大學生命科學學院“百人計畫”引進，2011年12月晉升教授。進入生物領域後，在包括Molecular & Cellular Proteomics, Nucleic Acids Research, Cell Research, Briefings in Bioinformatics等國際著名雜誌上發表SCI 論文27篇（9篇IF>7.0），其中通訊或一作19篇，累計影響因子150。所發布的GPS系列工具在蛋白質翻譯後修飾領域受到廣泛關注，推動了該領域發展，相關文章已被包括Nature、Science及Cell系列雜誌在內的文章引用700餘次，最高單篇引用超200次，H-index 12。擔任國際雜誌Frontiers in Genetics編委。主持國家自然科學基金3項，作為骨幹參與科技部973/863/國際合作項目4項。發布生物信息學工具及資料庫20多個，獲頒軟體著作權登記證書17項。
教育及工作經歷
1998.09 – 2002.07 學士 上海交通大學動力與能源工程學院核工程與自動化專業
2002.09 – 2007.06 博士 中國科學技術大學近代物理系物理電子學專業
2007.07 – 2010.03 博士後 中國科學技術大學生命科學學院
2010.03 – 2011.12 副教授 中山大學生命科學學院
2011.12 – 今 教授 中山大學生命科學學院
2012.05 – 今 部長 高性能計算2011協同創新中心套用研發部
2012.11 – 今 主任 中山大學生命科學學院生物信息學中心
2013.03 – 今 副主任 中山大學生物信息學系
2013.11 – 今 教授（雙聘） 中山大學超級計算學院
2014.07– 今 教授（兼職） 中山大學附屬腫瘤醫院
論文與獲獎情況
發表論文
1. Xue Y#, Ren J#, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB. GPS 2.0, a tool to predict kinase-specific phosphorylation sites in hierarchy. Molecular & Cellular Proteomics. 2008;7(9):1598-1608. ( IF: 8.834, cited by 197)
2. Ren J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. CSS-Palm 2.0: an updated software for palmitoylation sites prediction. Protein Eng Des Sel. 2008;21(11):639-644. (IF: 3.023, cited by139)
3. Ren J, Gao XJ, Jin CJ, Zhu M, Wang XW, Shaw A, Wen LP, Yao XB, Xue Y. Systematic study of protein sumoylation: Development of a site-specific predictor of SUMOsp 2.0. Proteomics. 2009;9(12):3409-3412. (IF: 4.815, cited by92)
4. Ren J, Wen LP, Gao XJ, Jin CJ, Xue Y, Yao XB. DOG 1.0: illustrator of protein domain structures. Cell Research. 2009;19(2):271-273. (IF: 9.417, cited by 74)
5. Zhao Q, Xie YB, Zheng YY, Jiang S, Liu WZ, Mu WP, Liu ZX, Zhao Y, Xue Y and Ren J*. GPS-SUMO: a tool for the prediction of sumoylation sites and SUMO-interaction motifs. Nucleic Acids Research. 2014;42: W325-30. (IF: 8.808)
6. Xue Y, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Wen LP, Yao XB, Ren J*. GPS-SNO: Computational Prediction of Protein S-Nitrosylation Sites with a Modified GPS Algorithm. Plos One. 2010;5(6): e11290. (IF: 4.411, cited by42)
7. Xue Y, Liu ZX, Cao J, Ma Q, Gao X, Wang QQ, Jin CJ, Zhou YH, Wen LP, Ren J*. GPS 2.1: enhanced prediction of kinase-specific phosphorylation sites with an algorithm of motif length selection. Protein Eng Des Sel. 2011;24(3):255-260. (IF: 3.023, cited by 30)
8. Ren J, Jiang CH, Gao XJ, Liu ZX, Yuan ZN, Jin CJ, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB. PhosSNP for Systematic Analysis of Genetic Polymorphisms That Influence Protein Phosphorylation. Molecular & Cellular Proteomics. 2010;9(4):623-634. (IF: 8.354, cited by16)
9. Ren J, Liu ZX, Gao XJ, Jin CJ, Ye ML, Zou HF, Wen LP, Zhang ZL, Xue Y, Yao XB. MiCroKit 3.0: an integrated database of midbody, centrosome and kinetochore. Nucleic Acids Research. 2010;38:D155-D160. (IF: 8.808, cited by 11)
10. Liu ZX, Cao J, Gao XJ, Zhou YH, Wen LP, Yang X, Yao XB, Ren J*, Xue Y*. CPLA 1.0: an integrated database of protein lysine acetylation. Nucleic Acids Research. 2011;39:D1029-1034. (IF: 8.808, cited by 16)
11. Song CX, Ye ML, Jiang XN, Han GH, Songyang Z, Tan YX, Wang HY, Ren J*, Xue Y* & Zou HF*. Systematic analysis of protein phosphorylation networks from phosphoproteomic data. Molecular & Cellular Proteomics. 2012;11(10):1070-1083. (IF: 7.398)
12. Liu ZX#, Ren J#, Cao J, He J, Yang Q, Ma Q, Gao XJ, Yao XB, Jin CJ, Xue Y. Systematic analysis of the Plk-mediated phosphoregulation in eukaryotes. Briefings in Bioinformatics. 2013;14 (3):344-360 (IF: 5.924)
13. Xue Y, Gao XJ, Cao J, Liu ZX, Jin CJ, Wen LP, Yao XB, Ren J*. A Summary of Computational Resources for Protein Phosphorylation. Current Protein & Peptide Science. 2010;11(6):485-496. (IF: 3.83, cited by 18)
14. Zheng YY, Guo JJ, Li X, Xie YB, Hou MM, Fu XY, Dai SK, Diao RC, Miao YY* and Ren J*. An integrated overview of spatiotemporal organization and regulation in mitosis in terms of the proteins in the functional supercomplexes. Frontiers in Microbiology. 2014(IF: 3.9, in press)
15. Liu ZX, Gao X, Ma Q, Cao J, Ren J*, Xue Y*. GPS-CCD: A novel computational program for prediction of calpain cleavage sites. Plos One.2011;6(4):e19001. (IF: 4.411, cited by 11)
16. Liu ZX, Cao J, Ma Q, Gao XJ, Ren J*, Xue Y*. GPS-YNO2: computational prediction of tyrosine nitration sites in proteins. Mol Biosyst. 2011; 7(4):1197-1204. (IF: 3.825, cited by 14)
17. Liu ZX, Ma Q, Cao J, Gao XJ, Ren J*, Xue Y*. GPS-PUP: computational prediction of pupylation sites in prokaryotic proteins. Mol Biosyst. 2011;7(10):2737-2740. (IF: 3.825, cited by 7)
18. Ren J, Gao XJ, Liu ZX, Cao J, Ma Q, Xue Y. Computational Analysis of Phosphoproteomics: Progresses and Perspectives. Current Protein & Peptide Science. 2011;7(12):591-601.(IF: 3.83)
19. Xue Y, Liu ZX, Cao J,Ren J.(2011) Systems and Computational Biology - Molecular and Cellular Experimental Systems. InTech. ISBN 978-953-307-280-7(Book Chapter)
20. Gao TS, Liu ZX, Wang YB, Cheng H, Yang Q, Guo AY, Ren J and Xue Y. UUCD: a family-based database of ubiquitin and ubiquitin-like conjugation. Nucleic Acids Res. 2013;41:D445-51. (IF: 8.026)
21. Liu ZX, Wang YB, Gao TS, Pan ZC, Cheng H, Yang Q, Cheng ZY, Guo AY, Ren J and Xue Y. CPLM: a database of protein lysine modifications. Nucleic Acids Res. 2014;42:D531-536. (IF: 8.026)
22. Wang YB, Dai ZY, Cheng H, Liu ZX, Pan ZC, Deng WK, Gao TS, Li XT, Yao YG, Ren J and Xue Y. Towards a better understanding of the novel avian-origin H7N9 influenza A virus in China. Scientific Reports. 2014; 3:2318. (IF: 2.927)
23. Han GH, Ye ML, Jiang XN, Chen R, Ren J, Xue Y, Wang FJ, Song CX, Yao XB, Zou HF. Comprehensive and Reliable Phosphorylation Site Mapping of Individual Phosphoproteins by Combination of Multiple Stage Mass Spectrometric Analysis with a Target-Decoy Database Search. Analytical Chemistry. 2009;81(14):5794-5805. (IF:5.712, cited by 17).
24. Gao XJ, Jin CJ, Ren J, Yao XB, Xue Y. Proteome-wide prediction of PKA phosphorylation sites in eukaryotic kingdom. Genomics. 2008;92(6):457-463. (IF:3.613, cited by 12).
25. Liu ZX, Yuan F, Ren J, Cao J, Zhou YH, Yang Q, Xue Y. GPS-ARM: Computational Analysis of the APC/C Recognition Motif by Predicting D-Boxes and KEN-Boxes. Plos One. 2012; 7(3):e34370
26. Cai RK, Liu ZX, Ren J, Ma C, Gao TS, Zhou YH, Yang Q, Xue Y. GPS-MBA: computational analysis of MHC class II epitopes in type 1 diabetes. PloS one. 2012; 7(3):e33884.
27. Yao YG, Ma LL, Jia Q, Deng WK, Liu ZX, Zhang YW, Ren J, Xue Y, Jia HB, Yang Q. Systematic characterization of small RNAome during zebrafish early developmental stages. BMC Genomics.2014
(*通訊# 一作)
獲獎情況：
1. 2013年入選教育部新世紀優秀人才。
2. 2012年獲廣東省自然科學傑出青年基金，為首批16人之一。
3. 2011年入選首批廣州市珠江科技新星。
4. 2013年於MIT獲國際遺傳工程機器設計競賽（iGEM）軟體組世界總決賽金獎與Best Software Project單項大獎，領隊。
5. 2012年於MIT的iGEM世界總決賽上獲得Best Clotho App與Best Genome Compiler Based Design兩個單項大獎，領隊。
6. 2012年獲國際遺傳工程機器設計競賽（iGEM）軟體組亞洲區金獎，領隊。
7. 2012年獲國際遺傳工程機器設計競賽（iGEM）亞洲區銀獎，領隊。
8. 2011年獲國際遺傳工程機器設計競賽（iGEM）亞洲區銅獎，領隊。
科研成果
已發布生物信息學工具：
1. 蛋白質磷酸化位點預測工具： GPS 2.1
2. 蛋白質磷酸化相關SNP資料庫： PhosSNP 1.0
3. 中體、中心體及動粒蛋白質資料庫： MiCroKit 3.0
4. 蛋白質乙醯化資料庫： CPLA 1.0
5. 蛋白質功能結構域示意圖繪製軟體： DOG 1.0
6. 蛋白質SUMO化位點預測工具： SUMOsp 2.0
7. 蛋白質棕櫚醯化位點預測工具： CSS-Palm 2.0
8. 鈣蛋白酶切位點預測工具： GPS-CCD 1.0
9. 蛋白質巰基亞硝基化位點預測工具： GPS-SNO 1.0
10. 蛋白質翻譯後修飾肽段掃描工具： PPS 1.0
11. 蛋白質酪氨酸硝化位點預測工具： GPS-YNO2 1.0
12. 蛋白質SUMO化結合模體預測工具： GPS-SBM 1.0
13. 磷酸化網路構建工具： iGPS 1.0
14. 細胞死亡相關蛋白質資料庫： THANATOS
其中GPS、CSS-Palm和SUMOsp已被著名蛋白質組學入口網站ExPASy收錄
訪問量超過5000人/月。
包括美國BMS（百時美施貴寶）、法國Hybrigenics和日本Eisai在內的多家國際著名製藥公司已購買GPS系列軟體的商業版授權。
獲頒計算機軟體著作權登記證書：
1. 圖形化局部序列比對軟體，2014SR004801，2014，中國，任間、張冉、謝宇斌、趙齊
2. 生物序列特徵圖示繪製軟體，2014SR036498，中國，任間、劉文忠、趙齊、謝宇斌
3. 生物信號通路示意圖繪製軟體，2014SR038082，中國，任間、劉文忠、謝宇斌、趙齊
4. 醫學多中心統計分析軟體，2014SR013108，2014，中國，任間、劉文忠、李旭
5. 蛋白質翻譯後修飾棕櫚醯化位點預測工具，2009SR022423，2009，中國，任間、薛宇
6. 蛋白質翻譯後修飾磷酸化位點預測工具，2009SR023467，2009，中國，任間、薛宇
7. 蛋白質翻譯後修飾SUMO化位點預測工具，2009SR022424，2009，中國，任間、薛宇
8. 蛋白質功能結構域示意圖繪製工具，2009SR054172，2009，中國，任間、薛宇
9. LAMOST巡天觀測戰略系統，2009SR027003，2009，中國，任間、袁海龍、金革
