付岩(研究員)

付岩(研究員)

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畢業於中國科學院計算技術研究所，獲博士學位；現任中國科學院數學與系統科學研究院研究員、博士生導師

基本介紹

  • 中文名：付岩
  • 畢業院校：中國科學院計算技術研究所
  • 學位：博士
  • 工作單位：中國科學院數學與系統科學研究院
學術經歷,研究方向,獲獎記錄,發表論文,軟體開發,科研項目,

學術經歷

  • 2000-09~2006-12 中國科學院計算技術研究所，博士學位
  • 2007-01~2011-12 中國科學院計算技術研究所，助理研究員、副研究員
  • 2011-12~現在 中國科學院數學與系統科學研究院，副研究員、研究員

研究方向

生物信息學、生物醫學統計、機器學習和數據科學

獲獎記錄

KDD Cup數據挖掘競賽冠軍（2004） 蛋白質同源性預測任務APR 和 RMS指標第一名，TOP1指標第二名，RKL 指標第十四名，綜合成績並列第一名。這是中國研究人員首次在 KDD Cup（數據挖掘領域最有影響力、最高水平的國際頂級賽事）中取得優勝，也是中國的學術研究人員在國際頂會的競賽項目取得冠軍的最早突破之一

發表論文

  1. Exploiting the kernel trick to correlate fragment ions for peptide identification via tandem mass spectrometry. Bioinformatics. Vol.20, pp1948-1954, 2004. 第1作者
  2. A Block-Based Support Vector Machine Approach to the Protein Homology Prediction Task in KDD Cup 2004. ACM SIGKDD Explorations. Vol.6, No.2, pp120-124, 2004. 第1作者
  3. Open MS/MS Spectral Library Search to Identify Unanticipated Post-Translational Modifications and Increase Spectral Identification Rate. In Proceedings of the 18th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2010). Bioinformatics, 26(12):i399-i406, 2010. 通訊作者
  4. DeltAMT: a statistical algorithm for fast detection of protein modifications from LC-MS/MS data. Molecular & Cellular Proteomics, 10(5):M110.000455, 2011. 第1作者
  5. Bayesian false discovery rates for post-translational modification proteomics. Statistics and Its Interface, 5:47–59, 2012. 第1作者
  6. Transferred Subgroup False Discovery Rate for Rare ＞Post-translational Modifications Detected by Mass Spectrometry. Molecular & Cellular Proteomics, 13(5):1359-1368, 2014. 第1作者
  7. PTMiner: Localization and Quality Control of Protein Modifications Detected in an Open Search and Its Application to Comprehensive Post-translational Modification Characterization in Human Proteome. Molecular & Cellular Proteomics, 2019, 18 (2) 391-405. 通訊作者
  8. AP3: An Advanced Proteotypic Peptide Predictor for Targeted Proteomics by Incorporating Peptide Digestibility. Analytical Chemistry, 2019, 91, 8705−8711. 通訊作者
  9. Large-scale Identification of N-linked Glycopeptides in Human Serum using HILIC Enrichment and Spectral Library Search. Molecular & Cellular Proteomics, 19:672–689, 2020. 通訊作者
  10. Transfer posterior error probability estimation for peptide identification. BMC Bioinformatics, 21:173, 2020. 通訊作者
  11. DeepDigest: prediction of protein proteolytic digestion with deep learning. Analytical Chemistry, 93(15):6094-6103, 2021. 通訊作者
  12. Null-free False Discovery Rate Control Using Decoy Permutations. Acta Mathematicae Applicatae Sinica, English Series, 38(2):235-253, 2022. 通訊作者

軟體開發

  1. pFind: 基於串聯質譜數據的肽和蛋白質鑑定軟體
  2. pMatch: 用於蛋白質修飾鑑定的開放式質譜庫搜尋軟體
  3. pCluster: 用於翻譯後修飾檢測的質譜數據聚類軟體
  4. pMatchGlyco: 基於譜庫搜尋的Ｎ糖鑑定軟體
  5. PTMiner: 蛋白質修飾位點定位和質控軟體
  6. SAVControl: 胺基酸突變質量控制軟體
  7. LFAQ: 肽段定量效率預測和無偏非標蛋白質定量軟體
  8. AP3: 肽段可檢測性預測軟體
  9. DeepDigest: 肽段酶切機率預測軟體
  10. TransferFDR/PEP: 肽鑑定的遷移FDR/fdr估計軟體
  11. TDFDR: 基於target-decoy競爭的多重假設檢驗FDR控制方法

科研項目

  1. 基於信息技術的蛋白質組研究, 參與, 國家任務, 2002-12~2008-08
  2. 基於質譜數據的大規模蛋白質鑑定算法與軟體研究, 負責人, 國家任務, 2007-06~2010-11
  3. 基於質譜數據的非限制性翻譯後修飾檢測算法研究, 負責人, 國家任務, 2010-01~2012-12
  4. 蛋白質組信息學關鍵技術及分析系統研發, 參與, 國家任務, 2014-04~2018-04
  5. 高通量生物大數據測量的數學模型和算法, 參與, 中國科學院計畫, 2014-07~2018-12
  6. 非完整、異構材料數據關聯統計分析與挖掘技術, 參與, 國家任務, 2018-07~2022-06
  7. 質譜和序列多源信息的翻譯後修飾位點精確測定研究, 負責人, 國家任務, 2021-01~2024-12

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