《人體微生物組》是2014年化學工業出版社出版的圖書，圖書作者是[美]D.N.弗雷德里克斯。
基本介紹
- 中文名：人體微生物組
- 出版時間：2014年
- 出版社：化學工業出版社
基本信息,內容簡介,目錄,
基本信息
作者：[美]D.N.弗雷德里克斯 編
出版日期：2014年11月
書號：978-7-122-21549-9
開本：B5 710×1000 1/16
裝幀：平
版次：1版1次
頁數：272頁
內容簡介
隨著生命科學研究的不斷發展，人類邁入了後基因組時代。宏基因組學技術作為研究環境微生物多樣性、篩選新的功能基因和生物活性物質的重要手段之一，也蓬勃發展起來，它必將會對人體微生物抗藥性研究、人體與不可培養病原菌的相互關係的探索等方面做出重大貢獻。
本書旨在對人體發現的微生物多樣性進行概覽，並介紹以往在微生物群落與人體健康關係方面所做的研究工作。全書共十四章，第一章介紹了人體微生物組計畫(HMP)；第二章和第三章介紹人體微生物組的研究工具；第四章從數學角度解釋了微生物群落結構與多樣性。第五至第九章介紹了身體各部位(呼吸道、口腔、生殖道和腸道)的微生物群落。第十章和第十一章綜述了利用動物模型對微生物組和宿主免疫的研究。第十二章講述了如何利用基因組的培養方法解決許多與人體相關的微生物在實驗室中仍然培養不成功的問題，並在第十三章中介紹了許多全新的培養方法。第十四章論述了益生元、益生菌和合生元如何改變體內菌群來促進健康。
目錄
第1章美國國立衛生研究院的人體微生物組計畫1
11引言1
12人體微生物組研究的起源和人體微生物組計畫1
13HMP項目的指導原則、結構和方向3
131HMP的指導原則和群落資源計畫的建立3
132HMP大規模測序中心5
133數據協調與分析5
134參照菌株微生物基因組序列6
135多種微生物組的健康成年人群組研究8
136微生物組——疾病相關的示範項目14
137技術開發18
138計算工具19
139微生物組研究的倫理、法律與社會問題21
14人體微生物組計畫的產品22
141健康成年人群組研究的衍生數據集22
142用於人體微生物組研究的計算工具22
143HMP出版物22
15NIH資助的其他人體微生物組研究34
16未來人體微生物組研究的方向36
參考文獻40
第2章人體相關微生物群落的表征方法42
21引言42
22基於免培養的技術42
221利用系統分類標記研究群落結構和組成44
222遺傳潛能多樣性49
223超越代謝潛能：轉錄組學，蛋白組學，代謝組學51
23培養51
24方法選擇52
參考文獻53
第3章系統分類晶片61
31引言61
32系統分類探針設計62
33系統分類晶片的樣品製備63
34系統分類晶片的套用64
參考文獻67
第4章描述微生物群的數學方法：對富含微生物環境進行分析推斷
的實踐與理論 6941引言：環境外推法的實踐69
42環境外推法的理論72
421罐子模型72
422典範轉移72
423預測樣本的範圍73
43樣本範圍的平均分析75
44樣本範圍的條件分析79
441泊松點過程的稀化特性80
442嵌入算法81
45結語82
參考文獻83
第5章邊界處的緊張局勢：宿主遺傳和腸道菌群如何共同促進
克羅恩病的發生8551引言85
52人類炎性腸病86
53腸道菌群和炎性腸病86
54與炎性腸病相關的人類遺傳位點88
55宿主遺傳特性如何影響腸道菌群形成89
56建立菌群失調與克羅恩病模型90
參考文獻93
第6章人體呼吸道微生物97
61引言97
62肺部特徵及環境98
621正常肺98
622囊性纖維化99
623呼吸機相關性肺炎102
624支氣管肺發育不良103
625哮喘103
626慢性阻塞性肺疾病104
63呼吸道微生物組研究展望104
參考文獻106
第7章口腔菌群：是福，是禍？111
71引言111
711解剖學112
712唾液113
72從定植到群落113
721初始附著113
722細菌間的物理相互作用115
723細菌間的代謝相互作用115
724細菌間的相互拮抗作用116
725細菌間信號116
726生物膜基質117
73群落在健康和疾病中的作用118
731健康狀態118
732疾病狀態119
74口腔菌群和全身性疾病120
741菌血症120
742感染性心內膜炎122
743動脈粥樣硬化124
744糖尿病125
745肥胖126
746不良妊娠結局127
75結語128
參考文獻128
第8章泌尿生殖道菌群137
81引言137
82女性生殖道的微生物生態系統：微生物在生物地理方面對生殖的影響137
83關於BV的科學論戰140
84高通量測序時代的陰道微生物組144
852025年陰道健康：如何理解陰道微生物組對未來女性護理的影響154
86男性菌群：一個硬幣的兩面還是不同的行情?160
87結語162
參考文獻163
第9章健康與疾病狀態下人體腸道菌群的功能結構173
91引言173
92腸道菌群173
921上消化道內的細菌174
922小腸180
923大腸內的細菌181
924菌群在結腸功能中的作用181
925黏液屏障182
926糞便菌群187
93疾病中結腸菌群的變化189
931炎性腸病時黏液屏障的破壞189
932組成黏液屏障的潛在要素192
933兼性病原體的作用193
934減弱黏液屏障黏度的物質193
94重建黏液屏障可能的方法196
95健康人、炎性腸病和其他胃腸疾病患者糞便菌群的生物結構197
96位點依賴性結腸微生物結構變化200
961黏液層200
962結腸生物發酵罐的工作（腸道）區域200
963結腸生物發酵罐的生髮區200
97結語202
參考文獻203
第10章從果蠅到人：了解共生微生物如何影響宿主免疫與健康204
101引言204
102在人類和動物模型中的微生物多樣性204
103比較免疫：動物體內免疫系統的進化206
104維持腸道穩態207
105共生菌對宿主健康的作用211
1051炎性腸病212
1052多發性硬化症213
1053糖尿病213
106尋找合適的細菌組合：將我們對共生菌宿主關係的了解用於治療214
參考文獻215
第11章從動物模型研究中深入了解人體微生物組217
111引言217
112動物模型系統217
1121烏賊218
1122線蟲219
1123水螅220
1124水蛭220
1125舞毒蛾220
1126果蠅221
1127白蟻221
1128小鼠221
1129斑馬魚221
113宿主相關微生物群落的建立222
1131定植可視化和共生細菌缺陷突變菌的鑑定222
1132確定菌群組成的宿主遺傳決定因素223
114在宿主生物學中寄居微生物群落的功能224
1141微生物對上皮組織的影響224
1142微生物對免疫系統的影響225
115結語226
參考文獻226
第12章與時俱進：基因組時代的分離培養技術230
121引言230
122分離、生長和培養技術232
1221分離232
1222生長233
1223培養233
123在變化著的世界裡變化234
參考文獻235
第13章人體菌群培養的新方法241
131引言241
132菌群培養方法學241
133套用於人體菌群245
134展望未來246
參考文獻247
第14章掌控人體內部菌群：益生元，益生菌和合生元250
141引言250
142益生菌251
1421益生菌對健康的益處251
1422老年人256
1423益生菌的其他用處256
143益生元257
1431益生元與健康258
144合生元260
1441炎性腸病260
1442合生元的其他用途262
145結語263
參考文獻263
索引269
11引言1
12人體微生物組研究的起源和人體微生物組計畫1
13HMP項目的指導原則、結構和方向3
131HMP的指導原則和群落資源計畫的建立3
132HMP大規模測序中心5
133數據協調與分析5
134參照菌株微生物基因組序列6
135多種微生物組的健康成年人群組研究8
136微生物組——疾病相關的示範項目14
137技術開發18
138計算工具19
139微生物組研究的倫理、法律與社會問題21
14人體微生物組計畫的產品22
141健康成年人群組研究的衍生數據集22
142用於人體微生物組研究的計算工具22
143HMP出版物22
15NIH資助的其他人體微生物組研究34
16未來人體微生物組研究的方向36
參考文獻40
第2章人體相關微生物群落的表征方法42
21引言42
22基於免培養的技術42
221利用系統分類標記研究群落結構和組成44
222遺傳潛能多樣性49
223超越代謝潛能：轉錄組學，蛋白組學，代謝組學51
23培養51
24方法選擇52
參考文獻53
第3章系統分類晶片61
31引言61
32系統分類探針設計62
33系統分類晶片的樣品製備63
34系統分類晶片的套用64
參考文獻67
第4章描述微生物群的數學方法：對富含微生物環境進行分析推斷
的實踐與理論 6941引言：環境外推法的實踐69
42環境外推法的理論72
421罐子模型72
422典範轉移72
423預測樣本的範圍73
43樣本範圍的平均分析75
44樣本範圍的條件分析79
441泊松點過程的稀化特性80
442嵌入算法81
45結語82
參考文獻83
第5章邊界處的緊張局勢：宿主遺傳和腸道菌群如何共同促進
克羅恩病的發生8551引言85
52人類炎性腸病86
53腸道菌群和炎性腸病86
54與炎性腸病相關的人類遺傳位點88
55宿主遺傳特性如何影響腸道菌群形成89
56建立菌群失調與克羅恩病模型90
參考文獻93
第6章人體呼吸道微生物97
61引言97
62肺部特徵及環境98
621正常肺98
622囊性纖維化99
623呼吸機相關性肺炎102
624支氣管肺發育不良103
625哮喘103
626慢性阻塞性肺疾病104
63呼吸道微生物組研究展望104
參考文獻106
第7章口腔菌群：是福，是禍？111
71引言111
711解剖學112
712唾液113
72從定植到群落113
721初始附著113
722細菌間的物理相互作用115
723細菌間的代謝相互作用115
724細菌間的相互拮抗作用116
725細菌間信號116
726生物膜基質117
73群落在健康和疾病中的作用118
731健康狀態118
732疾病狀態119
74口腔菌群和全身性疾病120
741菌血症120
742感染性心內膜炎122
743動脈粥樣硬化124
744糖尿病125
745肥胖126
746不良妊娠結局127
75結語128
參考文獻128
第8章泌尿生殖道菌群137
81引言137
82女性生殖道的微生物生態系統：微生物在生物地理方面對生殖的影響137
83關於BV的科學論戰140
84高通量測序時代的陰道微生物組144
852025年陰道健康：如何理解陰道微生物組對未來女性護理的影響154
86男性菌群：一個硬幣的兩面還是不同的行情?160
87結語162
參考文獻163
第9章健康與疾病狀態下人體腸道菌群的功能結構173
91引言173
92腸道菌群173
921上消化道內的細菌174
922小腸180
923大腸內的細菌181
924菌群在結腸功能中的作用181
925黏液屏障182
926糞便菌群187
93疾病中結腸菌群的變化189
931炎性腸病時黏液屏障的破壞189
932組成黏液屏障的潛在要素192
933兼性病原體的作用193
934減弱黏液屏障黏度的物質193
94重建黏液屏障可能的方法196
95健康人、炎性腸病和其他胃腸疾病患者糞便菌群的生物結構197
96位點依賴性結腸微生物結構變化200
961黏液層200
962結腸生物發酵罐的工作（腸道）區域200
963結腸生物發酵罐的生髮區200
97結語202
參考文獻203
第10章從果蠅到人：了解共生微生物如何影響宿主免疫與健康204
101引言204
102在人類和動物模型中的微生物多樣性204
103比較免疫：動物體內免疫系統的進化206
104維持腸道穩態207
105共生菌對宿主健康的作用211
1051炎性腸病212
1052多發性硬化症213
1053糖尿病213
106尋找合適的細菌組合：將我們對共生菌宿主關係的了解用於治療214
參考文獻215
第11章從動物模型研究中深入了解人體微生物組217
111引言217
112動物模型系統217
1121烏賊218
1122線蟲219
1123水螅220
1124水蛭220
1125舞毒蛾220
1126果蠅221
1127白蟻221
1128小鼠221
1129斑馬魚221
113宿主相關微生物群落的建立222
1131定植可視化和共生細菌缺陷突變菌的鑑定222
1132確定菌群組成的宿主遺傳決定因素223
114在宿主生物學中寄居微生物群落的功能224
1141微生物對上皮組織的影響224
1142微生物對免疫系統的影響225
115結語226
參考文獻226
第12章與時俱進：基因組時代的分離培養技術230
121引言230
122分離、生長和培養技術232
1221分離232
1222生長233
1223培養233
123在變化著的世界裡變化234
參考文獻235
第13章人體菌群培養的新方法241
131引言241
132菌群培養方法學241
133套用於人體菌群245
134展望未來246
參考文獻247
第14章掌控人體內部菌群：益生元，益生菌和合生元250
141引言250
142益生菌251
1421益生菌對健康的益處251
1422老年人256
1423益生菌的其他用處256
143益生元257
1431益生元與健康258
144合生元260
1441炎性腸病260
1442合生元的其他用途262
145結語263
參考文獻263
索引269
