相傳800年前元兵南侵時，南宋幼帝趙昺與丞相張世傑、陸秀夫南逃，經同安渡海從 五通渡頭登岸，然後取道東渡、嵩嶼進入漳州，並由此在當地留下了“聖跡”、“聖泉”、“金帶水”等民間傳說。
五通渡也叫五通鋪。古時候，官方使用的道路稱官道，沿途設站，大站設驛，驛與驛之間每十里設一鋪，配備夫役，以便遞送文書，接送官吏。宋朝時，在同安大輪山下設大同驛，元代改在縣西門，稱同安驛，並延用到近代。同安驛經過下尾店、聖林到劉五店，從劉五店過渡，經海程三十里就是五通，再經過蛟塘、蓮坂而至廈門城外的和鳳宮，共有七個鋪，五通渡頭是其中之一。清朝時，渡頭附近設有暸望台和墩台，由水師提標營官兵防守。
五通渡頭至今仍可見伸入海中的巨石坡上鑿刻的並排四行各十八級台階，隨著潮漲潮退而時隱時現。1982年，在渡頭附近海灘還發現乾隆時《重修五通路亭碑記》一方，碑文記述了當時官宦鄉紳集資重修五通渡旁路亭之事。這些遺蹟和實物是研究廈門古代交通史的重要資料。
