乾法上樣是把待分離的樣品用少量溶劑溶解後,在加入少量矽膠,拌勻後再旋去溶劑。如此得到的粉末再小心加到柱子的頂層。乾法上樣較麻煩,但可以保證樣品層很平整。濕法上樣就是用少量溶劑(最好就是展開劑,如果展開劑的溶解度不好,則可以用一極性較大的溶劑,但必須少量)將樣品溶解後,再用膠頭滴管轉移得到的溶液,沿著層析柱內壁均勻加入。
柱層析操作時,先在圓柱管中先填充不溶性基質,形成一個固定相。將樣品加到柱子上,用特殊溶劑洗脫,溶劑組成流動相。在樣品從柱子上洗脫下來的過程中,根據樣品混合物中各組分在固定相和流動相中分配係數不同,經多次反覆分配將組分分離。