成立於1927年,是香港一座英語傳道跨宗派基督教教堂,現被列為香港一級歷史建築。九龍佑寧堂是香港基督教協進會的會員教會。2017年6月6日建議列為法定古蹟
1922年約200名居住在九龍的教友簽署一封請願信,向政府申請撥地興建一所類似香港佑寧堂跨宗派的教堂,曾捐款興建聖安德烈堂的保羅·遮打爵士承諾如獲政府撥地,將會支付建築費用。
1923年莊士敦牧師(Rev.J.HoraceJohnston)抵港著手在九龍成立聚會,首個聚會於1924年1月第一個星期日在中央英童學校(CentralBritishSchool)舉行。同年9月19日教堂首座建築物(現今教堂的禮堂)開放給公眾崇拜。九龍佑寧堂於1927年正式成立,神學上教堂隸屬基督新教,其任命的主任牧師亦是由主流基督新教教會全體牧師中選出,但教堂的會籍則開放給所有事奉基督為主的教友。
政府原本答應在油麻地九龍醫院後面預留一幅龐大土地供九龍佑寧堂建立永久會址,但最終以佐敦現址作交換,於1930年5月28日舉行奠基,教堂及牧師住宅於1931年4月10日落成啟用。
第二次世界大戰日據時期教堂暫停活動,教堂建築物受到嚴重破壞,所有家具及設備被搜劫一空,學校禮堂的屋頂被拆除,而教堂禮堂被改為馬槽。戰後教堂重修,在購置家具時於一間二手店找回兩張靠背長椅,教堂於1947年10月19日重開。教堂逐漸擴建,1955年兩層的主日學院落成,地下為小禮堂,而樓上為課室。
九龍佑寧堂亦借出場地及設施供其他基督教團體使用,其中包括採用粵語傳道的合一堂及國語傳道的信義會。