中華人民共和國鎮江海關於1987年9月1日正式成立，現內設1個正處級機構（緝私分局）、19個科（室），1個直屬事業單位綜合技術中心（保健中心），2個鎮江地方事業單位（鎮江市進出口商品檢驗鑑定所、鎮江食品添加劑及調味品檢測實驗室），1個丹陽市地方事業單位（江蘇檢驗檢疫車輛燈具檢測實驗室）、1個國家級重點實驗室（國家食品添加劑及調味品檢測實驗室），下轄駐丹陽辦事處。鎮江海關是受南京海關直接領導，按授權負責指定口岸和區域範圍內海關各類管理工作的正處級隸屬海關，領導隸屬海關辦事處。鎮江海關管轄範圍為鎮江市的各項海關管理工作。
主要職責：,內設機構,
主要職責：
負責黨的基層組織建設和幹部隊伍建設；辦理具體海關業務，反饋執法作業結果；完成南京海關交辦的其他工作。
內設機構
駐丹陽辦事處、辦公室（黨委辦公室）、人事政工科（黨委組織宣傳部）、綜合保障科、綜合業務一科、綜合業務二科、監管科、查驗一科、查驗二科、查驗三科、統計分析科、法規科、物流管理科、運輸工具監管科、特殊區域管理一科、特殊區域管理二科、稽查科、核查科、企業管理科、督查內審科。
