根據《農業部辦公廳關於農業部財會服務中心和中華農業科教基金會主要職責內設機構和人員編制的批覆》（農辦人[2007]60號）和《農業部辦公廳關於農業部財會服務中心、中華農業科教基金會內設機構和中層領導幹部職數調整的批覆》（農辦人[2015]47號），財會中心、科教基金會的主要職責是：
（一）開展農業財務管理研究，提出加強財務管理和推進財務管理改革的建議。
（二）承擔部本級部門預算資金及黨團工會經費等的會計核算任務。
（三）承擔部系統國庫資金集中支付相關服務工作，承擔部系統集中採購項目的實施工作。
（四）承擔部屬單位領導幹部經濟責任審計和其他各類專項審計工作，承擔部屬單位預算執行情況的監督檢查工作。
（五）承擔部屬單位的資產管理、住房資金管理和所辦實體產權登記等服務工作。
（六）承擔農業財政項目評審、項目執行監督檢查和項目驗收等工作。
（七）負責農業部財會管理信息系統的運行與維護工作。
（八）開展農業金融、農業保險以及農業支持保護政策等相關研究工作。
（九）負責中華農業科教基金會資金募集、基金管理、資助獎勵等日常業務工作，指導掛靠社會團體的業務工作。
（十）完成農業部交辦的其他工作。
