1955年9月,根據我國與緬甸政府《關於中緬兩國通航協定》,經中華人民共和國國務院、軍委、民航總局批准,昆明-曼德勒-仰光國際航線試航,1956年4月正式通航。這是我國開闢的第二條國際航線,也是我國打破國際封鎖實施對外交流的一條“政治航線”。1955年12月20日,中華人民共和國昆明邊防檢查站正式組建,主要擔負昆明巫家壩國際機場出入境邊防檢查和邊防保衛任務,依法對出入境人員所持護照、證件和行李、物品、交通運輸工具及其載運的貨物實施邊防檢查、監護和管理。
昆明邊防檢查站建站時定編13人,為正營級,由雲南省軍區司令部領導,由於任務較輕,到1979年人員一直保持在13人至20人之間。1981年4月根據公安部要求,為了確保國際民航班機的安全,對乘坐國際航班出境的旅客及其攜帶的行李物品實施安全技術檢查。1983年2月改為正團級編制邊防檢查站。同年7月1日,根據國務院《關於對乘坐國內班機的旅客及其攜帶的行李物品實施安全技術檢查的通知》,接受了國內航班的安全檢查任務,同時組建安檢科和監護中隊對飛機實施安全檢查和監護,1985年7月23日又正式組建特種警察大隊,登機實施空中安全保衛工作。1986年7月,根據云南省委、省公安廳和武警總隊的指示,接受機場警衛任務,增加警衛中隊編制,全站人員增至350餘人。1987年4月,因工作情況變化特種警察大隊解散。1992年7月31日,又根據國務院辦公廳轉發《中國民航局、公安部關於民航機場安全檢查和消防工作由公安機關移交民航部門管理實施方案請示的通知》要求,我站安全檢查工作移交民航。安檢科、監護中隊便隨即撤銷。1993年7月,根據省公安廳的指示精神,機場警衛任務移交內衛總隊。警衛中隊成建制移交二支隊。現昆明邊防檢查站,隸屬於雲南省公安邊防總隊建制領導,機關設機司令部、政治處、後勤處3個職能部門,下設6個基層執勤業務科、法制科、機要查控科、通信技術科、情報調研科和勤務中隊。主要擔負著昆明至緬甸、寮國、泰國、新加坡、馬來西亞、日本、韓國、越南、高棉、馬爾地夫以及香港、澳門、台灣等17個國家或地區的共28條國際航線。