延吉海關是受長春海關直接領導，按授權負責指定口岸和區域範圍內海關各類管理工作的執行機構。
機構規格為正處級，機構類型為偏口岸綜合型。
主要職責,內設機構,
主要職責
主要負責黨的基層組織建設和幹部隊伍建設；辦理具體海關業務，反饋執法作業結果；完成長春海關交辦的其他工作。
劃入原延邊出入境檢驗檢疫局的管理職責和隊伍。
管轄範圍為：負責延邊州行政區劃內的屬地和口岸相關海關業務（按有關規定實施集約化管理的審批備案業務和稽查業務除外，琿春市、安圖縣行政區劃內的屬地和口岸相關海關業務除外，圖們市、龍井市行政區劃內的口岸相關海關業務除外）。
內設機構
延吉海關設下列25個正科級內設機構：辦公室（黨委辦公室）、人事政工科（黨委組織宣傳部）、綜合保障科、綜合業務一科、綜合業務二科、監管一科、監管二科、監管三科、監管四科、企管科、核查一科、核查二科、風險監控科、郵局監管一科、郵局監管二科、南坪口岸綜合業務科、南坪口岸監管科、南坪口岸旅檢科、古城裡口岸綜合業務科、古城裡口岸監管科、古城裡口岸旅檢科、快件綜合業務科、快件監管科、保稅物流中心監管科、敦化監管科。
