中性基因是一大類相對於顯性基因而存在的遺傳基因,平時它呈休眠狀態,其攜帶的遺傳信息不顯現。但他能被一些內外因素激活顯現,而當相關內外因素消失時,它又會恢復休眠狀態。 基因變異分子水平研究發現生物基因組中存在中性基因變異:不同等位基因間鹼基序列存在差異,但無表型選擇作用。中性基因頻率改變不是選擇壓力引起,而主要是有遺傳漂變引起。中性基因變異可能有以下幾種情況:1胺基酸序列改變、性狀變異,但無選擇意義(中性性狀);2胺基酸序列改變,但蛋白質功能不發生改變(中性突變);3胺基酸序列不改變(同義突變)現有分子水平的研究表明,中性基因往往比那些功能上重要的基因在物種間差異要大的多。也就是說:中性基因的進化速率快於功能上重要的基因。