中山大學教育科學研究所創建於1928年,是中山大學最早招收研究生的單位之一。出版過中國最早的教育研究專業期刊----《教育研究》。莊澤宣、崔載陽、許崇清等著名教授都曾主持過中山大學教育研究所的工作。1952年院系調整,中山大學教育學科被併入其他高校;1982年中山大學恢復教育科學研究,成立高教研究室,隸屬教務處;1984年獨立出來,李岳生校長兼任研究室主任,吳福光任副主任,直接對校長負責;1992年改建為高等教育研究所,吳福光教授任所長;1997年10月張敏強教授任所長;2000年改名為教育科學研究所,鄭永廷教授兼任所長,同時併入成立的中山大學教育學院;2005年9月起黃崴教授任所長。