中國科學院在重點省市區的派出機構。1951年6月，中國科學院決定建立東北分院。1952年8月，中國科學院東北分院正式成立。1954年7月，中國科學院西北分院籌備委員會成立。8月，中國科學院東北分院撤銷，所屬研究所歸中國科學院直接領導。1956年中央提出“向科學進軍”的口號，許多省、市、自治區要求成立中國科學院分院。中國科學院對新設分院，主張重點試辦。1956年9月，分別成立武漢、廣州和新疆分院籌備委員會。1958年3月，中共中央成都會議作出關於在各省、市、自治區建立中國科學院分院的決定，“大躍進”運動的形勢導致中國科學院組織機構的急劇膨脹。到1960年底，全國除西藏外，已有26個省、市、自治區建立了分院。各地分院及其研究機構大都缺少研究人員和設備，任務方向不明確，只有極少數能進行科學研究。1961年，中國科學院對分院機構作出調整，到1962年底，除新疆分院外，各省、市、自治區中國科學院分院一律撤銷。同時，按各大經濟區分別成立中國科學院中南、華東、西北、西南、東北五個分院和華北辦事處。1966年“文化大革命”開始後，中國科學院工作受到嚴重衝擊和干擾，各大區分院撤銷。1976年“文化大革命”結束後，中國科學院改變大區分院體制，在重點省市區城市恢復和建立了一批中國科學院分院。
