中國科學院三峽工程生態環境秭歸實驗站是中國科學院主管的機構，位於三峽庫首秭歸縣。
三峽工程生態環境秭歸實驗站於1998年在國務院三峽工程建設委員會辦公室的組織協調下正式組建，為庫區農業生態環境建設與監測研究為主的綜合性科研實驗站。建站目的在於科學跟蹤庫區農業生態環境變化過程，最佳化庫區生態環境保護措施以及促進庫區農業經濟增產增效。主要監測與研究內容包括：（1）監測局地農業氣候、水土流失，陸地生態系統土壤肥力、土壤生物、理化性狀，典型農業小流域地表水文過程與土壤、養分遷移過程；（2）研究庫區高效生態農業理論及其資源最佳化配置技術，山地複合農業生態系統建設與高值高效農業模式，三峽庫區高效庭院經濟模式。為保護和修復實施重大水利工程後的生態環境提供決策依據，確保庫區可持續發展。
學術帶頭人及主要研究方向
吳永紅研究員，站長：土水界面生態學，分散式污水處理理論與技術
馬力博士，副站長：基於物聯網智慧型化監測，軟體平台開發
王建國研究員：面源污染控制，土地整理
夏立忠研究員：水文土壤學與農田生態系統水分、養分循環
