中國原子能科學研究院放射性“三廢”設施治理工程部成立於2006年12月，下設計畫契約管理部、技術管理部、建造管理部、採購供應部、綜合管理部、質量保證部等部門。現有職工20餘人，其中正高級人員4人，副高級人員3人，中級人員4人。現任工程部總經理張存平。
中國原子能科學研究院放射性“三廢”設施治理工程部的主要職責是對已立項進入實施階段的放射性“三廢”設施治理工程，在設計、建造階段代表院行使應運單位職責，對工程的質量、投資、進度和安全實施控制；配合院對“三廢”設施治理工程開展前期立項工作及對已完成項目進行竣工驗收工作；為核設施退役提供技術服務。
中國原子能科學研究院放射性“三廢”設施治理工程部在承擔的建設項目中，含氚廢水空氣載帶排放站已完成竣工驗收，將要投入運行；放射性固體廢物回取與整備處理示範設施已完成建設，正在竣工驗收；放射性排風中心治理工程正在建設階段，計畫2019年年底完成建設；163#放射性廢液暫存庫正在建設階段；中放廢液輸運系統建設將要開工建設；低放廢液管網系統更新改造處在施工設計審查階段。
中國原子能科學研究院放射性“三廢”設施治理工程部對於核設施退役工作也積極參與並提供關鍵技術服務。2008年，工程部承擔北京城市廢物庫退役項目中的高放廢物回取工作，利用回取機器人安全順利地完成了高放廢物的回取，為奧運安保做出了貢獻。
