數字醫學臨床轉化教育部工程研究中心於2006年經教育部批准, 依託於上海交通大學立項建設，並於2011年通過教育部驗收，它是國內第一家聚焦於“數字醫學”創新研究與臨床轉化的工程研究中心。
工程研究中心面向臨床需求，凝練數字醫學內植物技術和數位化臨床技術兩大研究方向，開展數字醫學臨床轉化型研究，已建立了醫學內植物數位化技術、數位化外科手術和數位化物理治療裝備三大技術研發與服務平台，擁有占地約1500平方米的工程中心本部基地，它與上海交通大學生物醫學工程學院、MED-X研究院、生命質量與機械工程研究所、國家模具CAD工程研究中心和醫學院附屬第九人民醫院的骨科、口腔科和康復科等臨床與實驗室基地，共同組建形成了一個優勢互補、資源共享的數字醫學產學研一體化共建平台。
工程研究中心以技術開發與技術創新為宗旨，充分發揮科研成果與臨床及產業套用之間的橋樑作用，通過建立起的三大數字醫學技術研發和服務平台，已形成了支撐數位化臨床套用相關的共性和個性技術，具有自主智慧財產權的部分成果已實現技術轉讓和臨床套用，成為相關企業數字醫學創新的重要技術支撐，推動和促進了我國高端醫療器械產品與設備的自主創新能力。
工程研究中心大力開展與國內外一流研究機構的科研合作，包括加拿大多倫多大學康復研究院、加拿大蒙特婁大學骨與關節研究中心、日本千葉大學醫學工程研究中心、美國韋恩州立大學醫學院、澳大利亞西澳大學醫學院、荷蘭萊頓大學醫學中心、英國利茲大學等，並先後獲得國家科技部和上海市政府有關國際合作項目的科研基金資助。自2007年以來，工程研究中心已連續成功舉辦了七屆國際骨科前沿技術與臨床轉化學術會議，積極推動我國轉化醫學的研究，促進數字醫學科研成果快速轉化成臨床套用。
