三維凝膠塊狀晶片實質上是在基片上點布以10000個微小聚苯烯醯胺凝膠塊,每個凝膠塊可用於靶DNA、RNA和蛋白質的分析。這種晶片可用於篩選抗原抗體、酶動力學反應的研究。凝膠條的三維化能加進更多的已知樣品,提高檢測的靈敏度;蛋白質能夠以天然狀態分析,可以進行免疫測定、受體、配體研究和蛋白質組分分析。
蛋白晶片技術的研究對象是蛋白質,其原理是對固相載體進行特殊的化學處理,再將已知的蛋白分子產物固定其上(如酶、抗原、抗體、受體、配體、細胞因子等),根據這些生物分子的特性,捕獲能與之特異性結合的待測蛋白(存在於血清、血漿、淋巴、間質液、尿液、滲出液、細胞溶解液、分泌液等),經洗滌、純化,再進行確認和生化分析。