三疣梭子蟹孵出的幼體出現畸形,主要有頭胸甲的刺或缺或短小,或顎足外肢的游泳毛髮育不全,在靜水條件下,畸形個體很難上浮,應進行淘汰。白天孵化時畸形率很高。夜間正常孵化的個體中也有發現。畸形的出現,可以認為有以下原因:①親蟹捕撈、運輸及以後管理中有問題,比如親蟹培育和暫養期間水溫變化較大可導致畸形。②卵子長時間暴露在空氣中或池底泥沙污染,也可引起異常孵化或出現畸形幼體。③水中重金屬離子超標也可引發畸形,此原因引起的畸形可在水體中保持2~5克/立方米水體EDTA防治。