幼孤家貧，少時讀書刻苦，20歲補
州學附生。1902年張謇為創辦通州師範學再謎局校（今
南通師範學校），準備其資助留學日本，學朽灶寒習
師範教育，他以照踏境侍奉家中老母為由辭謝。1903年通州師酷乘范學校建成，丁祖佑考入第一屆講習科，求兆記采後因家貧輟學。1905年，他與從日本留學回通的李元蘅一起在
通州城南創辦明義女校，並擔任通州商立國小校教習。1908年
張謇聘請他擔任師範附屬國小級任教員。1911年4月，應聘擔任師範學校國說酷兆背文教習。1912年5月因病去世。丁祖佑教學有師法，張謇尋項員稱讚之“真師範”。他離世後，
顧怡生為其撰寫《丁君啟之事略》。
