TopHat是一個快速的將RNA-Seq數據進行快速剪接映射的程式，它使用超快的高通量短讀比對程式，將RNA-Seq的信息比對到哺乳動物大小基因組上，然後分析映射結果來鑑別外顯子之間的剪接點。
TopHat是馬里蘭大學生物信息和計算機生物中心，以及加利福尼亞大學伯克利分校數學系和分子細胞生物學系以及哈弗大學的幹細胞與再生生物學系聯合開發的結果。
TopHat2.0.4版本是6 / 21 / 2012版本，它是維護版本，用於解決2.0.3的一些問題。在測序分析套用中十分受歡迎。即使剛接觸的人士，通過在測序論壇等平台與生物領域的行家交流，也能輕鬆掌握一些基本的操作技能。
此前，TopHat已經由08年的0.7.版本逐漸發展經歷了0.8release，1.0release，1.1release，到如今的1.3release。發展速度非常之快，一兩個月可能就會更新一次。
