《R語言及Bioconductor在基因組分析中的套用》是科學出版社出版的圖書，作者是孫嘯
基本介紹
- 作者：孫嘯
- 出版時間：2005年1月
- 出版社：科學出版社
- 頁數：440 頁
- ISBN：9787030166654
- 定價：68.00 元
- 裝幀：簡裝本
內容簡介,目錄,
內容簡介
《R語言及Bioconductor在基因組分析中的套用》是國內一本系統介紹R語言及Bioconductor軟體包的圖書。R語言是一種電腦程式設計語言，也是一個開放式的軟體開發平台。R語言具有強大的數學統計分析和科學數據可視化功能，能提供各種數據處理、統計分析及圖形顯示工具。軟體研究人員可以在R語言這個開放平台上不斷擴充其功能，開發出面向特定套用的軟體。Bioconductor就是一個基於R語言的、面向基因組信息分析的套用軟體集合。Bioconductor的套用功能是以包的集成形式呈現在用戶面前，它提供的軟體包中包括各種基因組數據分析和注釋工具，其中大多數工具是針對DNA微陣列或基因晶片數據的處理、分析、注釋及可視化的。同時，Bioconductor。還提供許多與DNA微陣列相關的數據包。
《R語言及Bioconductor在基因組分析中的套用》面向計算機套用人員，可供從事數學統計分析和生物信息學研究及套用的有關人員參考。
目錄
前言
上篇 R語言
第1章 R語言簡介
1．1 平台
1．2 R語言的發展簡史
1．3 R語言和統計學
1．4 運行R語言的環境及安裝
1．5 互動式使用R語言
第2章 R語言的基本數據結構
2．1 向量的賦值
2．2 向量的基本運算
2．3 構造向量
2．4 邏輯向量
2．5 字元向量
2．6 複數向量
2．7 獲取向量子集和修正向量子集
2．8 常量
第3章 R語言對象
3．1 對象的基本屬性
3．2 改變對象的長度
3．3 獲取對象的屬性
3．4 獲取對象類
第4章 分組因子
4．1 分組因子
4．2 聚集計算
4．3 排序
第5章 數組和矩陣
5．1 定義數組
5．2 數組子集操作
5．3 構造數組
5．4 數組計算
5．5 矩陣
5．6 數組矩陣合併
5．7 定義數組的操作
第6章 數據列表和數據單
6．1 數據列表
6．2 構造數據列表
6．3 數據列表操作
6．4 數據單
第7章 導入導出數據
7．1 高級函式
7．2 低級函式
7．3 命令台輸入輸出以及格式化
7．4 使用R語言內含的數據集
第8章 組合表達式和控制語句
8．1 組合表達式
8．2 控制語句
第9章 函式
9．1 排序的例子
9．2 定義新的操作符
9．3 參數名和參數預設定義
9．4 形式的參數（虛參）
9．5 函式和變數的作用範圍
9．6 類、通用函式和面向對象
9．7 調試
9．8 操作符號的優先權
第10章 包
10．1 標準包
10．2 擴展包和CRAN
10．3 包命名空間
10．4 R語言中常用的包
第11章 R語言中的統計
11．1 R語言中的機率分布
11．2 從離散數據集分析機率分布特性
11．3 回歸分析
第12章 圖形函式
12．1 高級圖形命令
12．2 低級圖形函式
12．3 與圖形進行互動
12．4 利用圖形參數
12．5 圖形參數列表
12．6 設備驅動
12．7 動態圖形
下篇 Biocomluctor及其套用
第13章 Bioconductm與DNA微陣列數據處理
13．1 Bioconductor簡介
13．2 DNA微陣列
13．3 微陣列數據處理與分析
13．4 Bioconductor開發背景
13．5 Bioconductor各種包的分類介紹
第14章 Bioconductm的使用
14．1 Bioconductor的獲取和安裝
14．2 Biocondtlctor一陝速入門
14．3 Bioconductor套用實例
第15章 資料庫訪問
15．1 Rdbi軟體包
15．2 RdbiPgSQL軟體包
15．3 SAGElyzer軟體包
第16章 圖形及用戶接口
16．1 widget，Tools包
16．2 tkWidgets包
16．3 geneplotter包
16．4 hexbin包
16．5 limmaGUI包
16．6 affylmGUI包
16．7 webbioc包
第17章 圖結構
17．1 graph包
17．2 RGBL包
17．3 Rgraphviz包
17．4 SNAData數據包
第18章 通用工具
18．1 reposTools包
18．2 Biobase包
18．3 Biostrings包
18．4 DynDoc包
18．5 Ruuid包
18．6 ctc包
18．7 convert包
18．8 icens包
18．9 exprExternal和externalVector軟體包
第19章 注釋
19．1 annotate包
19．2 AnnBuilder包
19．3 Resourcer包
19．4 SNPtools包
19．5 Data packages包
第20章 基因本體學
20．1 goTools包
20．2 ontoTools包
20．3 Gostats包
第21章 微陣列數據預處理
21．1 affy包
21．2 affycomp包
21．3 affydata包
21．4 affypdnn包
21．5 affyPLM包
21．6 gcrma包
21．7 makecdfenv包
21．8 annaffy包
21．9 marray包
21．10 matchprobes包
21．11 vsn包
第22章 數據分析
22．1 daMA包
22．2 edd包
22．3 factDesign包
22．4 genefilter包
22．5 globaltest包
22．6 gpls包
22．7 multtest包
22．8 pamr包
22．9 MeasurementErfor．cor包
22．10 limma包
22．11 ROC包
22．12 siggenes包
22．13 splicegear包
22．14 RMAGEML包
第23章 微陣列比較基因組雜交
23．1 aCGH包
23．2 DNAcopy包
第24章 蛋白質組學
24．1 PROcess包
24．2 gpls包
24．3 apComplex包
主要參考文獻
附錄 R語言常用功能一覽表
