《Computational Molecular Evolution》是2006年Oxford University Press出版的圖書，作者是Ziheng Yang。
基本介紹
- 中文名：Computational Molecular Evolution
- 作者：Ziheng Yang
- 出版社：Oxford University Press
- 出版時間：2006年11月30日
- 頁數：376 頁
- 定價：150.00 美元
- 裝幀：Hardcover
- ISBN：9780198566991
內容簡介,作者簡介,
內容簡介
The field of molecular evolution has experienced explosive growth in recent years due to the rapid accumulation of genetic sequence data, continuous improvements to computer hardware and software, and the development of sophisticated analytical methods. The increasing availability of large genomic data sets requires powerful statistical methods to analyse and interpret them, generating both computational and conceptual challenges for the field. Computational Molecular Evolution provides an up-to-date and comprehensive coverage of modern statistical and computational methods used in molecular evolutionary analysis, such as maximum likelihood and Bayesian statistics. Yang describes the models, methods and algorithms that are most useful for analysing the ever-increasing supply of molecular sequence data, with a view to furthering our understanding of the evolution of genes and genomes. The book emphasizes essential concepts rather than mathematical proofs. It includes detailed derivations and implementation details, as well as numerous illustrations, worked examples, and exercises.It will be of relevance and use to students and professional researchers (both empiricists and theoreticians) in the fields of molecular phylogenetics, evolutionary biology, population genetics, mathematics, statistics and computer science. Biologists who have used phylogenetic software programs to analyze their own data will find the book particularly rewarding, although it should appeal to anyone seeking an authoritative overview of this exciting area of computational biology.
作者簡介
楊子恆，1964年生於甘肅通渭，1984年畢業於甘肅農業大學，1992年獲北京農業大學博士學位。曾在甘肅農業大學和北京農業大學畜牧系工作以及英美等國從事博士後研究。1997年起在倫敦大學學院(University College London)生物系任教(1997-2000年任講師，2000-72001年任副教授，2001年後任教授)，2006年當選為英國皇家學會院士(Fellow of the Royal Society)。
作為國際知名的統計進化生物學家，楊子恆博士一直致力於發展新的最大似然模型及電腦程式(PAML)，1993年起在國際學術刊物發表論文100餘篇；學術兼職包括Genetics、MoIecular Biology and Evolution、Journal of Molecular Evolution和Systematic Biology等刊物副主編。
在生物信息學這個領域，頂級的工作要么是資料庫，要么是軟體，我指的頂級，不是說雜誌影響因子的高低，而是指引用。比如，可以粗略劃分，>1萬次的算是頂級軟體，>1千次的算是一流軟體，>100次的是二流軟體，>10次的算是三流軟體，再少了就不入流了。要是幾年都沒有人引用，這個這個，只能說是純粹灌水了。
頂級軟體不多，比如BLAST, CLUSTALW這種軟體，賺個幾萬次的引用那真是太小意思了，並且，由於這類軟體一般實在是太有名，n年前就被寫教科書里了，所以很多人其實是不引的。一流軟體也不算多，比如MEGA, Weblogo等等。這些軟體一般是細一點兒領域裡的主流工具，比如weblogo一般是用於序列分析這個小領域的，其他領域用的就不算那么多。
很多年前，師兄就跟我講，好的軟體=好的名聲。最典型的例子就是那個在甘肅農大混完跑北京農業大學(現在的中國農大)混了個碩士，回校繼續混了兩年不爽，又回北京混了個博士。我很震撼的是，這哥們64年的人，讀本科要4年，碩士3年，工作2年，博士3年，讀了12年的書，拿到博士學位居然也才28歲！考慮到那個年代，能上大學都是牛的不得鳥的人，能這么折騰到博士畢業，真是服了。所以說，早早念書有好處，年輕人火力足，折騰的起。於是剛開始估計是留校當青椒，沒啥前途就開始週遊世界做博後，並且我很佩服的是，居然能轉悠個5年並且沒幹出什麼像樣的事情。好吧，這些不是高潮，後來這哥們跑到倫敦大學繼續博後，34歲，看起來年齡不算大，是吧？好，反正來英國了，沒事就瞎轉悠吧，說不定當年砸了牛頓了蘋果這回又冒出來拍了這哥們一把，從此開始了一段傳奇的人生。這份簡歷我看了無數次，97-06，連頭帶尾也就10年，從博後做到英國皇家科學院院士，這不能不說是奇蹟。而且，其代表工作就是開發了一個起初被無數大牛包括Nei等人鄙視到死，無論如何不肯將其方法加入MEGA中的ML算法，以及PAML軟體。剛查了一下PAML的引用，3千左右吧。（來自薛宇的部落格）
