雷恩的銷魂城在這段時間獲得了極大的經濟，科技和文化發展。經濟上和科技上雷恩工業成了整個城市的經濟發動機，於此同時還有許多新興的企業，帶來了新的發明，比如自動安保機器人和位於“彌涅爾瓦書齋”（Minerva`s Den）的巨型AI計算機“思想者”（the Thinker）。但影響最大的莫過於ADAM的發現，它是一種存在於海蝸牛的神奇物質，可以改變人們的基因構成，從而具有各種各樣的超能力。但是ADAM既是大自然的恩賜，也是詛咒，ADAM在賜予人們超能力的同時，也會腐蝕人們的身心，變得醜陋而瘋狂。但是這些問題在ADAM未量產化和大量使用前並不明顯，可是當ADAM投入市場，引發一系列問題（使用者發瘋和看到幻想）以後，雷恩依然堅持自己自由市場的理念，頂住壓力堅決不干涉ADAM和其相關產品---質粒（Plasmid）的銷售。在文化上雷恩鼓勵“百花齊放”，但是不久以後文化界有人開始批評雷恩獨斷專行的作風，而在思想領域有索菲亞·蘭姆博士（Dr. Sofia Lamb）批評他使人們陷入拜金主義，丟失了信仰。雷恩的回應也很乾脆，他派自己的安保總監沙利文（Sullivan）幹掉了文化界的批評人士，囚禁了索菲亞博士並開始利用自己的親信---桑德·科恩（Sander Cohen）來替自己的政策大唱讚歌。質粒的廣告
繁榮的背後潛藏著危機，不久以後銷魂城爆發了經濟危機，此時積攢已久的一些問題開始顯露出來。雷恩的世界觀使得銷魂城變成了一個階級分明的社會，傑出人士獲得了極大的成功，而廣大普通勞動者則無人照顧，只能自生自滅。在這個背景下，一個帶有黑幫背景的無賴和陰謀家弗蘭克·芳汀（Frank Fountain）逐漸成了雷恩的主要對手。芳汀雖然是個無賴，卻十分精明，知人善用，他建立了芳汀濟貧院和小妹妹孤兒院，成了窮人心目中的救星；他幫助特內波姆博士（Dr.Brigid Tenenbaum ）開發ADAM，並以此開發了一系列產品。在搞慈善和企業的同時芳汀也沒閒著，他開始組建軍隊陰謀推翻雷恩的統治，而軍隊的來源主要是自己黑幫的手下和在慈善機構中拉攏來的對雷恩統治不滿的窮人。而雷恩也逐漸意識到芳汀對自己的威脅，在私心和權力欲的驅使下，先下手為強，派人幹掉了芳汀，接管了芳汀的產業。但是這對雷恩來說只是一個短暫的勝利。芳汀金蟬脫殼，死掉的“芳汀”不過是一個替身，而他則以阿特拉斯（Atlas）的化名，搖身一變成了窮人的革命領袖，繼續和雷恩作對。但是雷恩不是吃素的，很快打敗了阿特拉斯，並把阿特拉斯和他的“暴徒”軍隊囚禁在了芳汀商場（Fountain Department Store）。但是雷恩並沒有意識到自己的一系列所作所為在銷魂城市民心目中造成了極大的分歧，很多人認為雷恩接管芳汀的產業（雖然他聲稱只是暫時接管，一旦查明芳汀背叛人民的證據，就結束接管）是一種違背其自身理念---自食其力---的做法。而打敗阿特拉斯的軍隊則不過是讓窮人對自己更加不滿，更加傾向和同情阿特拉斯而已。
銷魂城內戰（1959-1960）
在伊莉莎白（生化奇兵·無限-海葬的女主角）的幫助下，阿特拉斯成功的逃出了芳汀商場，並在1959年新年夜於克什米爾飯店（Kashmir Restaurant）發起了暴動，戰爭打了近一年，這次阿特拉斯依然處於下風，由於雷恩接管了芳汀的產業---尤其是ADAM及其相關產品的製造，使得雷恩實力大增，而雙方的戰士都大量依賴ADAM來獲取超能力和療傷。控制ADAM的雷恩處於上風就不奇怪了。絕望之中，阿特拉斯決定使用自己的最後王牌（Ace in the hole）來擊敗雷恩，這個王牌就是用雷恩當年和脫衣舞女交合後產生的受精卵培育出的人造人傑克。原來芳汀在此之前已經留了一手。他得知雷恩開始啟用生命室（Vita Chamber）作為後手，一旦自己被刺殺，就可以通過它來復活。但是生命室的運行並不穩定，任何和雷恩有血緣關係的人都可以藉助其復活。而芳汀就是利用了這一點，他派特內波姆博士和脫衣舞女交涉，獲得了雷恩和她交合後的受精卵，然後在易蘇崇博士（Dr. Yi Suchong）和特內波姆博士的努力下，使用一種可以使人快速成長的質粒，它使傑克在一年內長到了一個19歲成人的水平。經過洗腦後傑克被送上了地面，安靜的生活直到自己被阿特拉斯召回。
正當雷恩開始走向勝利時，傑克的到來打亂他的計畫。傑克不但能使用深海球（Bathysphere）來到銷魂城（內戰爆發前夕雷恩禁止普通人使用深海球，只有他和他的親朋好友可以通過基因鑰匙（Genetic Key）匹配來使用），在被敵人打死後還可以通過生命室復活。雷恩也發現了脫衣舞女背叛了自己，盛怒之下失手打死了她。但一開始雷恩並沒有意識到傑克是自己的兒子，但是經過一步步整理材料，當傑克來到銷魂城控制中心（Rapture Central Control）殺害自己的時候，他已經理清了一切，並將真相和自己的人生哲學告訴了傑克。雷恩整理出來的證據鏈
雷恩在經濟上（甚至文化上）主張自由市場和競爭，這對於銷魂城早期的經濟發展確實有幫助，但是自由市場最終的結果依然是不自由，銷魂城後期的經濟，除了雷恩工業和芳汀的產業外，在其他領域也產生了壟斷，比如Circus of Values公司在零售行業的壟斷，價格往往很不合理。而文化上雖然雷恩一開始接受了自己顧問的建議，在思想文化上鼓勵自由表達，但隨後的批評卻讓雷恩無法忍受，開始打壓批評者。雷恩言行不一，也是其失敗的原因之一。
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雷恩整理出來的證據鏈