馬來西亞中山會館聯合會成立於1954年,初名“馬來亞中山會館聯合會”。1965年因新加坡退出馬來西亞獲得獨立,沙巴山打根中山公會加入為會員,改名為“馬來西亞及新加坡中山會館聯合會”。 1973年12月,社團註冊官正式來函稱新加坡已成為一獨立國,不能參與新馬中山聯合會,必須分開,故改名為“馬來西亞中山會館聯合會”。該會與世界各地中山會館有密切聯繫,1996年組織第一屆世界中山同鄉懇親大會。