首善書院,原址在北京宣武門內。明天啟二年(1622),都御史鄒元標、副都御史馮從吾等創建。集同志講學其中,與高攀龍、鐘羽正、葉向高等相繼在此議論時政,抨擊閹黨。遭給事中朱童蒙等彈劾,謂有東林之嫌,請予禁毀。時魏忠賢方得勢,傳旨:“宋室之亡由於講學,將加嚴譴。”(《明史·鄒元標傳》)鄒等據理力爭,謂“宋之不競,以禁講學故”(《明史·馮從吾傳》)。
書院始得保存。五年,御史張訥又請毀天下講壇,閹黨倪文煥等更詆其為偽學。是年八月詔毀天下書院,首罹其難。崇禎初年,禮部尚書徐光啟等就此設曆局,重修曆法,三年修成我國最早參用西法的曆書——《崇禎曆書》。