《雞深色脛主效基因的定位、鑑定及其功能研究》是依託中國農業大學，由陳思睿擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：雞深色脛主效基因的定位、鑑定及其功能研究
- 依託單位：中國農業大學
- 項目負責人：陳思睿
- 項目類別：青年科學基金項目
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
雞的脛色是一種重要的經濟性狀，不僅代表了雞的品種特徵，更由於中國傳統的消費習慣決定了其在家禽育種中的重要地位。本項目擬利用中國地方雞種藏雞群體中青脛和黃脛個體，獲取脛色相關的表型數據，採用雞高密度SNP晶片進行全基因組關聯分析，定位並確定雞深色脛主效基因，並對其進行定量表達分析；通過DNA重測序篩選導致功能性缺失的原因突變，對目的基因的遺傳效應進行研究；將目的基因進行體外克隆，運用基因轉染技術，通過載體轉運至體外細胞系，觀察該細胞的功能變化，推測目的基因的生物學功能。本研究結果將揭示雞黑、藍、青等深色脛形成的分子機理，並建立準確的脛色基因鑑別方法，有助於對我國地方雞品種進行提純和改良，以培育能夠滿足人們對脛色特殊喜好的新品系。
結題摘要
雞的脛色是一種重要的經濟性狀，不僅代表了雞的品種特徵，更由於中國傳統的消費習慣決定了其在家禽育種中的重要地位。本研究採用雞600 K高密度SNP晶片，對藏雞(母)群體中25隻青脛、25隻黃脛個體進行全基因組關聯分析，並最終將Id基因座定位在Z染色體上78.5~79.2 Mb（galGal4）的區間內。我們接著利用全基因組重技術測序技術，對藏雞(母)群體中4隻青脛、4隻黃脛個體進行全基因組重測序，在GWAS定位的區間內找到了3個與藏雞青脛相關的突變：SRFBP1基因intron4上的6 bp的缺失和exon8上的184 bp的缺失、Z染色體上78.7 Mb處約13.7 kb的顛換。結果發現，6 bp的缺失為藏雞特有，但與脛色表型無關；而184 bp的缺失在藏雞青、黃脛中均存在，但在在壽光等黑脛雞中的比例很高，可能參與黑色素的轉運過程；而第三個突變在多數雞群中不存在。我們進一步對GWAS定位區間內基因開展研究發現，在藏雞青脛個體的MTAP基因的exon7上游存在27 bp的插入突變。對不同品種的青脛、黃脛雞群研究後發現，該27bp的插入突變只存在於深色脛個體中，在淺色脛個體中不存在。我們認為MTAP是影響雞深色脛表型的主要候選基因之一。然而，在定位區間的兩側有總大小約為5.8 Mb的Gap區域，後續的工作我們將進一步研究新發現的SNP的作用。
