金鳳鳥的原先描述是最基底的初鳥類及始祖鳥科的成員。其後於2007年,在沒有種系發生學分析的研究下,比較金鳳鳥與始祖鳥,發現它是屬於始祖鳥科。但是路易斯·恰佩(Luis Chiappe)指出金鳳鳥有些地方似乎與傷齒龍科相同,如短的第二趾上有特大的爪,故很多科學家認為金鳳鳥是屬於傷齒龍科。徐星及馬克·諾瑞爾(Mark Norell)基於它的身體形狀及牙齒特徵,亦提出金鳳鳥可能是屬於傷齒龍科。在2007年,愛倫·特納(Alan H. Turner)與其同事對於傷齒龍科、馳龍科、以及早期鳥類的研究,發現金鳳鳥屬於傷齒龍科,而且它們是第一個發現羽毛痕跡的傷齒龍科標本。金鳳鳥