日咳桿菌為卵圓形短小桿菌，大小為0.5～1.5×0.2～0.5um，屬鮑特氏菌屬Bordetella)，無鞭毛、芽胞。革蘭氏染色陰性。用甲苯胺藍染色可見兩極異染顆粒。專性需氧，初次分離培養時營養要求較高，需用馬鈴薯血液甘油瓊脂培養基（即鮑～金氏培養基）才能生長。
過渡相試驗transientassay
日咳桿菌為卵圓形短小桿菌，大小為0.5～1.5×0.2～0.5um，屬鮑特氏菌屬Bordetella)，無鞭毛、芽胞。革蘭氏染色陰性。用甲苯胺藍染色可見兩極異染顆粒。專性需氧，初次分離培養時營養要求較高，需用馬鈴薯血液甘油瓊脂培養基（即鮑～金氏培養基）才能生長。經37℃2～3天培養後，可見細小、圓形、光滑、凸起、銀灰色、不透明的菌落，周圍有模糊的溶血環。液體培養呈均勻混濁生長，並有少量粘性沉澱。
生化反應弱，一般不發酵糖類，但分解蔗糖和乳糖，產酸不產氣，不產生H2S和吲哚，過氧化氫酶試驗陽性。
本菌常發生光滑型到粗糙的相變異：Ⅰ相為光滑型，菌落光滑，有莢膜，毒力強；Ⅳ相為粗糙型，菌落粗糙，無莢膜，無毒力。Ⅱ、Ⅲ相為過渡相。一般在疾病急性期分離的細菌為Ⅰ相，疾病晚期和多次傳代培養可出現Ⅱ、Ⅲ或Ⅳ相的變異。發生種變異時，細菌形態、菌落、溶血性、抗原結構和致病力等均出現變異。
