連鎖失衡是指在某一群體中，不同座位上某兩個基因同時遺傳的頻率明顯高於預期的隨機頻率的現象。HLA 不同基因座位的各等位基因在人群中以一定的頻率出現。簡單地說，只要兩個基因不是完全獨立地遺傳，就會表現出某種程度的連鎖。連鎖失衡可以是同一條染色體上的不同區域，也可以是不同染色體上的。
例如兩個相鄰的基因A B, 他們各自的等位基因為a b. 假設A B相互獨立遺傳，則後代群體中觀察得到的單倍體基因型 AB 中出現的P(AB)的機率為 P(A) * P(B).實際觀察得到群體中單倍體基因型 AB 同時出現的機率為P(AB)。 若這兩對等位基因是非隨機結合的，則P(AB)≠P(A)*P(B)。計算這種不平衡程度的方法為: D = P(AB)- P(A) * P(B).
