西南醫科大學馬克思主義學院的前身是從馬列主義教研室、德育教研室、社科部、人文社科學院、思想政治理論課教研部發展而來，為貫徹落實全國加強和改進大學生思想政治教育工作座談會精神及《中共中央宣傳部教育部關於進一步加強高等學校思想政治理論課教師隊伍建設的意見》，2011年11月成立直屬學院領導的二級教學科研組織機構——思想政治理論課教學研究部，後於2017年6月正式更名為馬克思主義學院，馬克思主義學院現有教職員工32人，其中教授6人，副教授10人，講師9人，助教7人。碩士學位獲得者29人，博士3人，在讀博士2人。
馬克思主義學院長期承擔著全校本專科生、研究生思想政治理論課教學任務。現設有思想道德修養與法律基礎、馬克思主義基本原理概論、中國近現代史綱要、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論、形勢與政策、研究生思想政治理論課、軍事理論、文化素養等8個教研室和社會發展與文化價值研究中心。其中“馬克思主義基本原理概論”為校級精品課程。2000年以來，部門教師共獲得四川省高校教師講課比賽一等獎2名，二等獎1名，三等獎1名，優秀教案比賽二等獎1名，瀘州老窖“金教鞭”獎4名、“金教鞭之星”獎3人。
馬克思主義學院主要從事馬克思主義綜合研究，特別是在馬克思主義基本理論、馬克思主義中國化、思想政治教育研究、社會發展與文化價值研究等方面，形成了一定的優勢和特色。近5年來，教師主持省部級科研項目2項；市廳級研究項目92餘項；院級各級各類研究項目45餘項；在國內外學術刊物上公開發表論文118多篇，其中核心期刊論文30餘篇；出版專著(含教材)8部；各級各類獲獎20 多項，其中市廳級以上10餘項。
