西南醫科大學醫學檢驗系是西南醫科大學下設的二級學院。
2001年設立醫學檢驗技術五年制本科專業,2005年成立醫學檢驗系,同年獲批“臨床檢驗診斷學”碩士學位授權點,2011年開始在四川省一本招生。2013年、2014年及2020年相繼獲批四川省教育廳“本科專業綜合改革試點”專業。
檢驗系現有在讀研究生44人,本科生454人。現有教師50餘人,其中教授、副教授21人,講師17人,助教12人;博士7人,碩士35人;博士生導師1人,碩士生導師7人,國家(省級)專委會主任委員、副主任委員共6人;四川省學術和技術帶頭人後備人選3人,四川省衛健委學術技術帶頭人及後備人選2人。