補體遺傳多態性是指在同一集團中，兩個或兩個以上非連續性突變體或基因型（稱型態），以極小的頻率有規律地同時發生的現象。補體成分的多態性是在人的C3中首次發現的。此後，從基因型和表型水平獲得有關不同種內補體缺陷與補體多態性的知識，並從四個水平研究了補體的多態性。
在補體固有成分和調節蛋白中，共有6個絲氨酸蛋白酶（原）。即：C1r、Cls、C2、B因子（Bf）、D因子和I因子。它們除彼此在胺基酸序列上有同源性外，還與非補體性絲氨酸蛋白酶（如胰蛋白酶和糜蛋白酶）高度同源。但C2和Bf的催化部位比常見的絲氨酸蛋白酶約多210個胺基酸殘基。在6個補體性絲氨酸蛋白酶中，C1r和C1s，C2和Bf又具有更大的相似性。
