行政執行署下設台北行政執行處、板橋行政執行處、桃園行政執行處、新竹行政執行處、台中行政執行處、彰化行政執行處、嘉義行政執行處、台南行政執行處、高雄行政執行處、屏東行政執行處、宜蘭行政執行處與花蓮行政執行處，均於2001年1月1日成立，其後因績效卓著，復於2006年1月1日增設士林行政執行處。以上13個行政執行處中，台北、
在未設行政執行處之縣市，另設行政執行官辦公室，如台北行政執行處下轄金門行政執行官辦公室、士林行政執行處下轄連江行政執行官辦公室、新竹行政執行處下設苗栗行政執行官辦公室、彰化行政執行處下設南投行政執行官辦公室、嘉義行政執行處有雲林行政官辦公室、高雄行政執行處下轄澎湖行政執行官辦公室、宜蘭行政執行處設有基隆行政執行官辦公室，花蓮行政執行處則下轄台東行政執行官辦公室。
轄區的界限上，原則是以縣市完整劃分，在士林行政執行處成立之前，台北縣全域是由板橋行政執行處承辦，在士林行政執行處成立後，配合法院轄區而進行調整，瑞芳生活圈的瑞芳鎮、雙溪鄉、貢寮鄉、平溪鄉，及鄰近基隆的金山鄉、萬里鄉，均劃入宜蘭行政執行處，大台北南區的坪林鄉、石碇鄉、烏來鄉、新店市、深坑鄉則由台北行政執行處負責，北海岸的石門鄉、三芝鄉、淡水鎮、八里鄉，鄰近內湖的汐止市，則劃入士林行政執行處轄區，板橋行政執行處的轄區，大致位於新店溪、淡水河以西的精華地區。
在行政執行署、處成立之前，人民積欠的公法上債權，系分屬不同承辦單位催討，積欠關稅、國稅、縣市稅的案件，由法院的財務執行處承辦，積欠全民健保費、勞工保險費，則由法院的民事執行處催討，至於一般行政機關之行政處罰、規費案件，則幾乎沒有移送執行。行政執行機關，便是集中辦理所有"公法上金錢給付義務"案件，這種設計，也是全球首例。
行政執行機關成立的時機，正遇到中華民國經濟發展瓶頸時期，廠商外移、經濟疲弱，國庫拮据，行政執行機關的執行成果，挹注了國庫，同時也一點一滴重建法律秩序，可以說，從行政執行機關受理的案件，可窺得中華民國人民，要從法治初期的紊亂時代脫胎換骨進入法治中期所面臨的困難與掙扎。
行政執行署首任署長：林雲虎（現任）
台北行政執行處 首任處長：蔡日升第二任處長：楊秀美第三任處長：丁樹蘭（現任）
士林行政執行處 首任處長：曾瑞慶（現任）
桃園行政執行處 首任處長：李清友 現任處長：李松德
新竹行政執行處 首任處長：施清火 第二任處長：曾瑞慶 現任處長：劉清景
台中行政執行處 首任處長：蕭志鋒 第二任處長：賴哲雄 第三任處長：周穎宏（現任）（行政執行官陳背珍曾短暫代理）
彰化行政執行處 首任處長：賴哲雄 第二任處長：施清火（現任）
嘉義行政執行處 首任處長：劉欽銘 第二任處長：周穎宏 第三任處長：林圳義（現任）
