《融合DNA三維結構信息的真核轉錄調控研究》是依託中山大學，由戴智明擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：融合DNA三維結構信息的真核轉錄調控研究
- 項目類別：青年科學基金項目
- 項目負責人：戴智明
- 依託單位：中山大學
中文摘要,結題摘要,
中文摘要
轉錄調控是基因調控的一個重要部分。用計算方法揭示轉錄調控機理是研究的熱點。傳統的方法主要是基於DNA一維序列，而忽略了DNA三維結構對轉錄調控的貢獻。本課題使用計算方法結合多種DNA三維結構信息到真核生物轉錄調控的研究中。探索物種內與物種間轉錄因子結合位點在DNA結構上的進化保守性問題。基於DNA結構信息，開發計算方法來查找轉錄因子結合位點，查找結果可以提供轉錄因子結合位點的DNA結構特徵信息。使用貝葉斯網路建立轉錄因子結合位點的DNA結構特徵與基因表達之間的定性映射模型，並基於該模型，進一步建立它們之間的定量調控關係。對更全面地闡明真核基因轉錄調控的複雜機制有重要意義，為具體了解生物細胞的代謝過程奠定基礎。
結題摘要
基因的轉錄過程對形成生命世界的差異性和複雜性是至關重要的。但是，對於轉錄的調控機理仍然所知甚少。本項目使用計算方法基於三維角度研究轉錄調控機理。研究分為三個部分：1、開發了一個計算方法，融合多類DNA三維結構信息，通過此方法產生了酵母全基因組範圍內轉錄因子結合DNA結構的圖譜。揭示了不同轉錄因子的結合DNA結構特性，對理解轉錄因子調控機理具有意義。2、探索DNA序列和染色質結構對基因環狀形成的貢獻。發現釀酒酵母環狀基因在編碼區的中間和3/4區域具有高的DNA彎曲性。這種彎曲性模式在酵母物種間保守，雖然彎曲性峰值的位置在各物種間有變化。人類細胞的環狀基因也具有高的DNA彎曲性。這些結果揭示了DNA彎曲性幫助環狀基因形成的機理。3、探索位置相鄰基因在位置分離後是否保持相互作用。發現位置相鄰基因在分離後會保持染色體間的共位置（也就是細胞核內共位置）。具有這些性質的基因在更多的物種里表現出位置相鄰性，受共同的轉錄因子調控，受相同的組蛋白修飾調控。這些結果揭示了位置相鄰基因在分離後如何保持細胞核內相鄰性的機理。
