蛋白質分子二級結構(sccondary structure)是指蛋白質分子中某一段肽鏈的局部空間結構,即該段肽鏈主鏈想原子的相對空間位置,並不涉及胺基酸殘基側鏈的結構,在所有已測定空間結構的蛋白質中均有二級結構的存在,主要形式包括:a螺旋、β摺疊、β轉角、無規捲曲等。
蛋白質中常見的一種二級結構,肽鏈主鏈繞假想的中心軸盤繞成螺旋狀,一般都是右手螺旋結構,螺旋是靠鏈內氫鍵維持的。每個胺基酸殘基(第n個)的羰基氧與多肽鏈C端方向的第4個殘基(第n+4個)的醯胺氮形成氫鍵。在典型的右手α-螺旋結構中,螺距為0.54nm,每一圈含有3.6個胺基酸殘基,每個殘基沿著螺旋的長軸上升0.15nm。