個人作品
単著
《支那の天文學》(恆星社厚生閣 1943年)
《中國の天文學》(恆星社厚生閣 1949年)
《支那數學史概說》(山口書店 1944年)
《支那數學史》(山口書店 1944年)
《隨唐歴法史之研究》 東方文化研究所東洋暦術調査事業報告 (三省堂 1944年、増訂版臨川書店 1989年)
《ギリシヤ科學の精神》(全國書房 1946年)
《近世天文學史》(恆星社厚生閣 1947年)
《自然科學史 第1》(恆星社厚生閣 1952年)
《天文學史》(朝倉書店 1955年)
《一般天文學》(恆星社厚生閣 1963年、新版1981年)
《中國古代の科學》 (角川新書 1964年/講談社學術文庫 2004年)
《中國の科學文明》(岩波新書 1970年)-度々復刊
《中國の天文暦法》(平凡社 1969年 増補版1990年)
《中國文明の形成》(岩波書店 1972年 復刊1994年)
《中國の數學》(岩波新書 1974年 復刊1991年、1996年)
《中國の科學と日本》(朝日新聞社 1972年/朝日選書 1978年)
《歴史はいつ始まったか》(中公新書:中央公論社 1980年)
《科學史から見た中國文明》(NHKブックス:日本放送出版協會 1982年)
合著
《地球と月・地球及び月の運動》(恆星社厚生閣 圖說天文講座 1937年)
《漢書律暦志の研究》(東方文化研究所研究報告)能田忠亮共著(全國書房 1947年/新版臨川書店、1979年)
《星座・中國・朝鮮・日本・印度の星座》、野尻抱影編 (新天文學講座1:恆星社厚生閣 1964年、新版1977年)
《天文學の歴史・東洋天文學》(新天文學講座12:恆星社厚生閣、1964年、新版1977年)
《科學史概說》 石蔵甚平共著 (朝倉書店 1965年、新版1982年)
《元號を考える》 桑原武夫ほか (現代評論社、1977年)-元號法制定反対の目的で刊行
《授時暦 訳注と研究》 中山茂共著 (新版アイ・ケイコーポレーション 2006年)
《立杭窯の研究 技術・生活・人間》 京都大學人文科學研究所研究報告、(恆星社厚生閣 1955年)
編著
《世界の名著 中國の科學》(中央公論社 1975年、新版1979年)
《科學の名著 中國天文學・數學集》(朝日出版社 1980年)
《天工開物の研究 京都大學人文科學研究所研究報告》(恆星社厚生閣、1953年/改訂版は、平凡社東洋文庫)
《中國中世科學技術史の研究》(角川書店 1963年、新版臨川書店 1998年)
《江戸時代の科學器械》 宗田一共編(恆星社厚生閣 1964年)
《宋元時代の科學技術史》 京都大學人文科學研究所 (臨川書店 1967年/新版朋友書店、1997年)
《明清時代の科學技術史》 吉田光邦共編:京都大學人文科學研究所 (臨川書店 1970年/新版朋友書店、1997年)
《明治前日本天文學史》(日本學士院同刊行會編、1960年、復刊1979年)
譯著
《神秘の宇宙》(ジェイムズ・ホプウッド・ジーンズ 恆星社厚生閣 1937年)
《新物理學の宇宙像》(ジェイムズ・ホプウッド・ジーンズ 恆星社厚生閣 1937年)
《支那數學史》(李儼 生活社 1940年)
《アルマゲスト》(プトレマイオス 恆星社厚生閣 1948年、1958年/新版1993年)
《時間の測定》(ジュン・グランエ、文庫クセジュ:白水社 1953年)
《星界の報告、太陽黒點論 ガリレオ・ガリレイ》(世界大思想全集.第2期31巻、「社會・宗教・科學思想篇」、河出書房新社、1963年)
《天工開物》(宋應星、平凡社東洋文庫 1969年)
《數の世界》(デビッド・バーガミニ、タイムライフブックス 1973年)
《ヘベリウス星座図絵》 (地人書館 1977年、新版1993年)
《中國の印刷術 その発明と西伝(全2巻)》(T.F.カーター、石橋正子共訳 平凡社東洋文庫 1977年)
《墨子》(平凡社東洋文庫 1996年 ISBN4-582-80599-X) 元版、平凡社「中國古典文學大系」の改訂版
監修
《中國の科學と文明》(ジョセフ・ニーダム 思索社 1991年)、大著
《中國科學の流れ》(ジョセフ・ニーダム 思索社 1984年) 、解說
《東洋の科學と技術 藪內清先生頌壽記念論文集》(同朋舎出版 1982年)
個人其它信息
一顆1953年由德國天文學家卡爾·威廉·威爾穆特(Karl Wilhelm Reinmuth)發現的小行星,被命名為2652 Yabuuti (1953 GM),以藪內的名字命名。