職責同構是指不同層級的政府在縱向間職能、職責和機構設定上的高度統一、一致。這不僅是對中國縱向政府間關係總特徵的一個理論概括，而且在國家的法律和制度基礎、政府經濟與社會管理體制等領域有著多方面的表現，是政府職能轉變不到位、條塊矛盾突出等一系列重要問題難以解決的主要原因。因此，應打破職責同構，全面推進政府職能轉變。
局限性,改革主要思路,
局限性
1、使政府間職責邊界不清，容易引發政府職能的錯位或缺位。“職責同構”的產生，主要源自計畫經濟體制下中央既要集中掌握社會資源，又要支持地方自主發展來限制部門集權。以計畫經濟體制下的社會管理方式來促進市場經濟體制下的社會發展，這不僅使經濟社會發展中條塊矛盾突出，也使政府內部工作難以協調。
2、增加政府運行成本，降低政府信譽。由於實行簡單的歸口管理，政府間許可權、職能劃分缺乏科學的界定，再加上法律保障機制的缺位，使得政府管理的體制不順暢，導致同一件事情不同層級政府共同管理，而所有的事情在所有的政府層級都得不到有效的管理。同時，管理相同事務的不同層級的政府部門，還要協調上下級關係，這就在無形中加大了政府管理的成本。
3、導致“全能地方”、“無能地方”兩大困境的出現，衍生了隱性存在的“政績”指揮體系。由於每一級政府都管理大體相同的事情，致使中國政府間縱向關係的運行陷入了兩大困境：一方面是“地方全能”，另一方面是“地方無能”，即地方政府要管理所有的事情，但限於所掌握資源和權力的有限性，又不能進行有效的管理。同時，由於單向支配性權力的存在，上級政府又常會以行政性分權與行政性激勵相結合的“政績”指揮棒來約束下級政府，自上而下的權力鏈條便將不同層級的官員捆綁在一起，造就了自下而上的責任格局。
因此，只有打破職責同構，合理調整縱向政府間職責配置，才有可能使政府職能轉變、行政機構改革和理順條塊關係等工作同步推進，才有可能真正解決包括中央與地方關係問題在內的一系列政治生活中的重大課題。
改革主要思路
1、以深化層級管理體制改革為前提，進行政府職責和機構的再設計。要把國家的行政事務合理地賦予各級政府，其前提就是國家的縱向政府間要有一個合理的層級設定。進一步推進我國政府層級管理體制改革，應重點從減少政府行政層級設定，最佳化政府間職責分工和組織結構，合理劃分政府間管理許可權。各級政府的機構設定、相互關係、財政分配和許可權劃分，都需要以職責的科學配置作為重要依據，要建立體現科學發展觀要求的地方政府職責考評體系，使各級政府在履行職責時有各自的權利、責任和方式，做到權責一致、財事平衡。
2、以法律規範和約束政府職責，實現政府職責和機構編制的法定化。國家機關的職責和人員只有在編制配備上科學、合理、規範，才能有效地把黨的意志在政府管理社會經濟事務的幅度、層次和深度上充分反映出來；也只有把政府職責的確定、機構編制的量化都框定在法律法規的範圍內而不作游離，才能有效地避免政府無為、職責無序、機構膨脹、編制虛列、人浮於事、效率低下等問題。
3、全面推進其他綜合配套改革。一是改革現行司法機關的經費和人事制度，以加強中央對司法系統的垂直管理，從而確保國家法制的統一和政府運行的法治環境。二是中央在地方設定的派駐機構由中央政府垂直管理，在人事、財政和編制與地方政府脫鉤，而不能再作為地方政府機構的一個組成部分，享受“雙重管理”。三是建立政府間縱向關係的協調組織，促進政府間合作。
