《結核感染免疫應答差異基因的eQTL定位及功能研究》是依託復旦大學，由張文宏擔任項目負責人的面上項目。
基本介紹
- 中文名：結核感染免疫應答差異基因的eQTL定位及功能研究
- 依託單位：復旦大學
- 項目類別：面上項目
- 項目負責人：張文宏
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
結核感染後最終是否發展為活動性結核病與宿主免疫系統對結核的免疫應答強度有關。申請人前期發現，潛伏性結核感染和活動性結核患者外周血單個核細胞在特異性結核多肽抗原刺激後，存在細胞因子表達及轉錄組水平上的差異，篩選並驗證了包括CXCL10 在內的多個免疫應答相關基因在轉錄水平及表達水平上存在顯著差異，提示這些特定免疫應答相關基因與結核感染後發病密切相關。我們擬進一步運用表達數量性狀座位（eQTL）分析策略，將前期發現與結核發病顯著相關的關鍵基因的表達量作為數量性狀，在活動性結核及潛伏性結核感染人群中進行遺傳基因關聯分析及定位；將定位的SNPs在人群佇列中進行遺傳學驗證，最終選擇與結核活動顯著相關的SNP作進一步的功能研究。本課題在前期發現的結核感染免疫應答差異基因基礎上，有望定位到中國人群的結核遺傳易感基因，對其功能的鑑定將進一步揭示導致結核易感的分子機制。
結題摘要
申請人通過雙重螢光反轉錄多重連線依賴式探針擴增技術檢測了潛伏性結核感染和活動性結核患者外周血21個靶基因的表達量，驗證了包括IL8，TNFRSF1B, BLR1, TIMP2, IL7R和TNFRSF10C等在內的多個免疫應答相關基因在轉錄水平及表達水平上存在顯著差異。提示這些特定免疫應答相關基因與結核感染後發病密切相關。我們進一步運用表達數量性狀座位（expression Quantitative Trait Loci, eQTLs）分析策略，通過PLINK 的混合線性模型進行數量性狀關聯分析。基於關聯分析結果，發現與關聯基因的表達水平顯著關聯的染色體SNP 區段(P＜1e-5)。通過STRING 蛋白相互作用和蛋白功能相關性數據檢索分析，發現差異表達的基因及其eQTLs關聯位點TACR3，ADRA2C，FPR1，IL8，CCL19，PTPRU，CALM2處於一個互作調控網路中。研究人員進一步募集具有活動性結核患者103 例及結核潛伏感染者208 例，訂製SNP 晶片，將eQTL 中篩選到的表達差異相關的SNPs 在兩類人群中進行檢測，通過驗證，rs4654400 及rs62292160位點在兩組人群中差異表達，提示其可能為中國人群的結核遺傳易感基因，進一步揭示導致結核易感的分子機制。
