主辦中共中央政治理論性綜合刊物《紅旗》的機關。1958年5月，根據毛澤東提議，八屆五中全會決定：“由中央主辦一個革命的、批判的、理論和實際相結合的雜誌，定名為《紅旗》，每半月出版一次”。同月，鄧小平主持召開第一次編委會會議。1958年6月，《紅旗》雜誌創刊。《紅旗》雜誌編輯部的工作由總編輯、副總編輯和編輯委員會領導。陳伯達任總編輯。1966年3月，陳伯達成立學術批判小組，編委會實際解體。“文化大革命”開始後，1966年6月，紅旗雜誌社“文化革命小組”成立，具體領導紅旗雜誌社的編輯工作和“文化大革命”運動。光明日報社黨的工作和人事關係劃歸紅旗雜誌社領導。關鋒任組長。1967年8月，紅旗雜誌社“文化革命小組”改組為臨時領導小組。1968年8月，臨時領導小組解散，成立勤務組。姚文元與陳伯達共同負責紅旗雜誌社工作，實際編輯工作由姚文元主管。10月，工宣隊和軍宣隊先後進駐紅旗雜誌社。1969年6月，紅旗雜誌社大批工作人員下放五七幹校，只留12人的臨時編輯小組負責編輯工作。1970年九屆二中全會後，陳伯達被撤職。紅旗雜誌社組織臨時編輯小組（後改為編輯小組），姚文元負責紅旗雜誌社工作。“文化大革命”結束後，1976年10月，中央派工作組進駐紅旗雜誌社。《紅旗》編輯工作由中國科學院哲學社會科學部（後改為中國社會科學院）黨組負責。1977年1月，中央任命王殊為《紅旗》雜誌總編輯。4月，經中央批准，中共紅旗雜誌社核心小組成立。1978年5月，中央任命熊復為《紅旗》雜誌總編輯。
