第一次妖書案,第二次妖書案,
第一次妖書案
萬曆年間刑部侍郎呂坤撰《閨範圖說》，寫了許多后妃的故事，彰顯婦德，司禮監秉筆太監陳萬化將《閨範圖說》送入宮內，神宗賜給鄭貴妃。鄭貴妃意圖成名，又在《閨範圖說》中增加自己的故事，重新刊印。給事中戴士衡以為呂坤巴結鄭貴妃，上疏彈劾呂坤，但神宗不理會。
萬曆廿六年（1598年），有個化名“燕山朱東吉”（寓意：北京的朱家，東宮大吉）的人撰寫呂坤《閨範圖說》的後記《憂危竑議》，說明鄭貴妃欲使己子朱常洵奪取常洛的皇儲之位，又指責呂坤與鄭承恩、張養蒙、魏允貞等支持鄭貴妃奪儲，此書被稱為“妖書”，神宗懷疑此書是出自吏科給事中戴士衡、全椒知縣樊玉衡之手，怒謫戴、樊玉衡二人，後又懷疑閣臣張位是主謀．貶了張位，還有與張位親近的官員們，如禮部侍郎劉楚先、右都御史徐作、國子監祭酒劉應秋、禮部主事萬建昆、給事中楊廷蘭等，是為第一次妖書案。
第二次妖書案
萬曆卅一年（1603年）十一月，又出現《續憂危竑議》一書，書中託名“鄭福成”（寓意：鄭貴妃之子福王立儲成功），言神宗立東宮之事，實為不得已，大肆批評首輔沈一貫與大學士朱賡，甚至說“朱賡，就是‘朱’家要‘更’換太子（‘賡’、‘更’為諧音）”。因其言詞詭妄，時稱妖書。朱賡得此書，立即進宮面奏皇帝。神宗看後大怒，即命東廠“大索奸人”。
沈一貫是浙黨，與東林黨人郭正域、沈鯉等人積怨已深，反藉此案誣陷沈鯉等東林黨人，興起大獄、株連甚眾。府同知胡化上書控告訓導阮明卿“造作妖書”；而朝廷調查之下，胡化承認自己誣告阮明卿，阮明卿的岳父給事中錢夢皋救援明卿，上書攻擊郭正域及沈鯉，認為是他們作妖書的。但胡化反駁說：“阮明卿是我的仇家，我才告他，郭正域考取進士二十年間我們不相往來，怎么說他有牽連？”郭正域是太子的老師，後來由於太子出面保全郭正域，要求東廠提督太監陳萬化幫忙，於是陳萬化洗清了郭正域的冤情。
康丕揚上疏指出“妖書案”和“楚太子案”兩案同源，牽扯醫生沈令譽和琴士鐘澄。而當時的佛教禪宗大師紫柏真可也因當時要求朝廷停止徵收礦稅，不停奔走在京師各界，而紫柏真可與沈鯉友好，因此亦被趁機牽連。此後紫柏真可被東廠與錦衣衛嚴刑拷打，打得體無完膚，自獄中歸後，傷重而圓寂，而另一位醫師沈令譽亦被處以酷刑。史載：“數日間，鋃鐺旁午，都城人人自危！”
不久，東廠又逮捕一名形跡可疑的男子皦生彩，皦生彩供出他哥哥皦生光與“妖書案”有關。原來皦生光原為順天府諸生（秀才），但卻時常在京師狡取人財。有一富商包繼志，聘請皦生光代纂詩集，皦生光寫了“五色龍文照碧天，讖書特地擁祥煙。定知鄭主乘黃屋，願獻金錢壽御前。”之詩，正要刊行時，皦生光卻以“鄭主乘黃屋”一句話有諷刺鄭妃奪儲之意，可能會引發文字獄，向包繼志恐嚇銀錢，後來甚至恐嚇鄭貴妃的兄弟鄭國泰。
最後皦生光被捕，在錦衣衛屈打之下成招，成為妖書主犯，由於《續憂危竑議》中寫的都是朝廷之事，一個秀才無法知悉這樣的內容，定是朝廷的人所為，不過陳萬化發覺了皦生光以前寫“鄭主乘黃屋”以詐欺人財之事，已經足以判死刑，所以就打算用皦生光來頂罪，以保全所有大臣。刑部尚書蕭大亨想將“妖書”牽連到他討厭的郭正域，拷打皦生光，逼其招供，但是生光寧死不屈。萬曆三十二年（1604年）四月，皦生光被判斬首，神宗大怒，改為凌遲，此事就此打住。
