穆罕默德登位時將十六個弟弟處以絞刑,所以他在奧斯曼帝國的歷史上當代仍然惡名昭彰。他是一個懶散的蘇丹,把政府交給母親皇太后Safiye Sultan管理。他任內最重大的事件是在1596年至1605年在
匈牙利發生的奧地利—奧斯曼帝國戰爭。
穆罕默德的軍隊在1596年占領了匈牙利境內的
埃格爾,並在Mezokeresztes戰役(
克雷斯茨戰役)中打敗
哈布斯堡王朝和川西凡尼亞的軍隊,但穆罕默德本人在戰役中途卻曾打算逃離戰場,不過被勸阻。
在穆罕默德三世的統治時期,雖然奧斯曼帝國看來正在衰落中,卻未有重大挫折。