祝獻民，男，博士，同濟大學生命科學與技術學院副教授，轉化醫學高等研究院副研究員。
基本介紹
- 中文名：祝獻民
- 畢業院校：Drexel大學
- 學位/學歷：博士
- 專業方向：幹細胞和胚胎髮育等的基因調控機制
- 性別：男
發表論文,發表論文,學術研究,
發表論文
1. 祝獻民, 張毅. 質粒載體的基因治療. 生命的化學. 2002, 22(6): 583-5.
2. 張美華, 汪小燕, 吳自榮, 祝獻民, 宋頻傑. 套用免疫PCR檢測癌症的初步研究. 生物技術. 2000, 10(5): 9-11.
發表論文
1. Ping Lu, Xiaolong Chen, Yun Feng, Qiao Zeng, Cizhong Jiang, Xianmin Zhu, Guoping Fan, Zhigang Xue. Integrated transcriptome analysis of human iPS cells derived from a fragile X syndrome patient during neuronal differentiation. Sci China Life Sci. 2016, 59(11):1093-1105. 共同通訊作者，IF值2.297
2. Lina Lu, Bo Lv, Kevin Huang, Zhigang Xue, Xianmin Zhu, Guoping Fan. Recent advances in preimplantation genetic diagnosis and screening. J Assist Reprod Genet. 2016, 33(9):1129-34. 第五作者，IF值1.718
3. Ganlu Hu, Kevin Huang, Youjin Hu, Guizhen Du, Zhigang Xue, Xianmin Zhu, and Guoping Fan. Single-cell RNA-seq reveals distinct injury responses in different types of DRG sensory neurons. Sci Rep. 2016, 6: 31851. 共同通訊作者，IF值5.578
4. Shuyang Xu, Xianmin Zhu,Hong Li, Youtian Hu, Jinping Zhou, Di He, Yun Feng, Lina Lu, Guizhen Du, Youjin Hu, Tiancheng Liu, Zhen Wang, Guohui Ding, Jiayu Chen, Shaorong Gao, Fang Wu, Zhigang Xue, Yixue Li, and Guoping Fan. The 14th Ile residue is essential for Leptin function in regulating energy homeostasis in rat. Sci Rep. 2016, 6: 28508. 第一作者，IF值5.578
5. Youjin Hu, Kevin Huang, Qin An, Guizhen Du, Ganlu Hu, Jinfeng Xue, Xianmin Zhu, Cun-Yu Wang, Zhigang Xue and Guoping Fan. Simultaneous profiling of transcriptome and DNA methylome from a single cell. Genome Biol. 2016, 5;17(1):88. 第七作者，IF值10.81
6. Qichao Wang, Rui Wen, Qinghua Lin, Na Wang, Ping Lu, Xianmin Zhu. Wogonoside shows antifibrotic effects in an experimental regression model of hepatic fibrosis. Dig Dis Sci. 2015, 60(11): 3329-39. 通訊作者，IF值2.613
7. Yanqin Ju, Jianping Ge, Xudong Ren, Xianmin Zhu, Zhigang Xue, Yun Feng, Shouliang Zhao. Cav1.2 of L-type calcium channel is a key factor for the differentiation of dental pulp stem cells. Journal of Endodontics. 2015, 41(7): 1048–55.第四作者，IF值3.375
8. Zhenshan Liu, Rongfeng Jiang, Songtao Yuan, Na Wang, Yun Feng, Ganlu Hu, Xianmin Zhu, Kevin Huang, Jieliang Ma, Guotong Xu, Qinghuai Liu, Zhigang Xue, Guoping Fan. Integrated analysis of DNA methylation and RNA transcriptome during in vitro differentiation of human pluripotent stem cells into retinal pigment epithelial cells. PLoS One. 2014, 9(3):e91416. 第七作者，IF值4.092
9. Qichao Wang, Xianmin Zhu, Yun Feng, Zhigang Xue, Guoping Fan. Single-cell genomics: An overview. Front. Biol. 2013, 8(6): 569–76.
10. Shaad M. Ahmad, Brian W. Busser, Di Huang, Elizabeth J. Cozart, Sébastien Michaud, Xianmin Zhu, Neal Jeffries, Anton Aboukhalil, Martha L. Bulyk, Ivan Ovcharenko and Alan M. Michelson. Machine learning classification of cell-specific cardiac enhancers uncovers developmental subnetworks regulating progenitor cell division and cell fate specification. Development. 2014, 141(4): 878-88. 第六作者，IF值6.596
11. Stephen S. Gisselbrecht, Luis Barrera, Martin Porsch, Preston W. Estep, Anastasia Vedenko, Anton Aboukhalil, Alexandre Palagi, Yongsok Kim, Xianmin Zhu, Brian Busser, Caitlin E. Gamble, Antonina Iagovitina, Alan M. Michelson, Martha L. Bulyk. Highly parallel assays of tissue-specific enhancers in whole Drosophila embryos. Nature Methods. 2013, 10(8): 774-80.第九作者，IF值19.276
12. Xianmin Zhu, Shaad M. Ahmad, Anton Aboukhalil, Brian W. Busser, Yongsok Kim, Terese R. Tansey, Adrian Haimovich, Neal Jeffries, Martha L. Bulyk and Alan M. Michelson. Differential regulation of mesodermal gene expression by Drosophila cell type- specific Forkhead transcription factors. Development. 2012, 139(8): 1457-66.第一作者，IF值6.596
13. Meridith Lorbeck, Keerthy Pirooznia, Jessica Sarthi, Xianmin Zhu, and Felice Elefant. Microarray analysis uncovers a role for Tip60 in nervous system function and general metabolism. PLoS One. 2011, 6(4): e18412.第四作者，IF值4.092
14. Xianmin Zhu, Neetu Singh, Christopher Donnelly, Pamela Boimel and Felice Elefant. The cloning and characterization of histone acetyltransferase human homolog Dmel/TIP60 in Drosophila melanogaster: Dmel/TIP60 is essential for multicellular development. Genetics. 2007, 175(3): 1229-40.第一作者，IF值4.007
15. Xianmin Zhu, Zhongmei Chu, Yunlong Hu, Jianfeng Lu, Cheng Liu, Xianming Qu, Yi Zhang. In vitro and in vivo transfection and expression of plasmid-based non-viral vector for erythropoietin gene therapy. Biotechnol. Lett. 2002, 24(11): 943-47.第一作者，IF值1.683
16. 祝獻民, 張毅. 質粒載體的基因治療. 生命的化學. 2002, 22(6): 583-5.
17. 張美華, 汪小燕, 吳自榮, 祝獻民, 宋頻傑. 套用免疫PCR檢測癌症的初步研究. 生物技術. 2000, 10(5): 9-11.
學術研究
同濟大學，轉化醫學高等研究院 2013 – 2016
建立基於CRISPR/Cas技術的轉基因動物模型平台，
並利用單細胞測序技術平台研究幹細胞和胚胎髮育等的基因調控機制
利用人胚胎幹細胞（ESC）和誘導多能幹細胞（iPSC）研究眼科和肝臟等疾病的致病機制，以及幹細胞在相關領域的轉化醫學套用；綜合運用遺傳學、表觀遺傳學和生物信息學等方法，研究哺乳動物組織器官分化和發育過程中的基因調控機制。
美國國家心肺和血液研究所(NHLBI/NIH) Dr. Alan Michelson實驗室
利用機器學習的方法研究果蠅心臟相關增強子的功能 2011 – 2013
通過輸入24個已知和26個同源增強子及其轉錄因子結合位點（TFBS），建立和訓練分類器，並以此預測了未知的心臟相關增強子以及增強子上的TFBS。初步結果表明8個預測的增強子中有3個在心臟細胞中存在特異性的表達。同時驗證了Myb和Su(H)這兩個重要轉錄因子的在心臟發育過程中的功能。證實增強子上的不同TFBS組合在心臟發育中的轉錄調控中起到了關鍵性的作用。
果蠅Forkhead轉錄因子對肌肉組織發育調控的研究2009 – 2011
確認Nidogen (Ndg) 基因增強子上的Forkhead (Fkh) 轉錄因子的結合位點。通過表型研究發現這些結合位點的突變能夠引起Ndg在心肌、體肌和腸道肌肉等特定肌肉組織中表達的變化。綜合運用生物化學、發育生物學、遺傳學和生物信息學等多種實驗手段，論證了不同Fkh轉錄因子在果蠅胚胎的肌肉發育過程中所起到的細胞/組織特異性功能。更為重要的研究成果是發現不同的Fkh轉錄因子能夠利用Ndg增強子上完全相同的結合位點，對Ndg在不同肌肉組織的表達進行嚴格的時間上和空間上的調控。此項研究第一次深入的和系統的闡述了Fkh轉錄因子家族在肌肉組織發育過程中的基因調控機制。
驗證心臟發育過程中的順式調控元件的組合密碼 2008 – 2009
成功構建了細胞膜表達的綠色螢光蛋白(GFP)表達載體pETXCG。利用生物信息學在整個基因組上預測了與果蠅心臟發育相關的順式調控元件。通過轉基因技術，將連線有順式調控元件的GFP表達載體導入果蠅體內。最終使用免疫組化和原位雜交的方法驗證了這些順式調控元件在心臟發育中的調控表達機制。
從基因組非編碼區大規模篩選基因增強子的研究 2008 – 2009
與哈佛大學的Dr. Bulyk實驗室合作，通過特殊的引物大規模擴增基因組非編碼區的DNA並克隆到含有報告基因的轉基因載體。最後利用細胞流式儀分離特定螢光標記的細胞並檢測報告基因的表達，從而達到大規模鑑定基因增強子的目的。該研究突破傳統的低效率尋找增強子的方法，為快捷準確預測和鑑定基因增強子提供新途徑。
Drexel大學Dr. Felice Elefant實驗室
果蠅組蛋白乙醯轉移酶Tip60的功能研究 2003 – 2007
克隆了Dmel/Tip60基因。套用實時RT-PCR揭示了Dmel/Tip60 （以及Dmel/Elp3）在果蠅發育各階段的表達特徵。驗證了Dmel/Tip60的組蛋白乙醯轉移酶活性。利用轉基因技術，第一次培育出可調控的RNAi基因敲除果蠅。並進一步套用表型研究、原位雜交以及免疫組化等多種實驗方法揭示Dmel/Tip60在果蠅生長發育過程中的細胞/組織特異性功能，並強調了表觀遺傳對於生物個體發育有著重要影響。
上海生物工程研究中心張毅研究員實驗室
紅細胞生成素 (EPO) 基因治療 1999 – 2002
利用EPO cDNA構建了pcDNA3-EPO基因治療載體。通過RT-PCR和ELISA等實驗證明該載體可以在轉染的NIH3T3細胞株中穩定持續表達。使用脂質體包裹的載體肌肉注射小鼠後，發現基因治療能夠顯著提高小鼠體內造血機能。該項目為EPO基因治療的進一步深入研究奠定了基礎。
華東師範大學吳自榮教授實驗室
新型溶栓酶產生菌株的分離純化和誘變育種 1996 – 1999
從自然界分離純化而得到一株能產生新型溶栓酶的菌株。它所產生的溶栓酶具有專一性溶解血纖維交聯蛋白的功能。為了使之能更好的套用於生產，採取物理和化學的方法進行交替誘變，並通過大量篩選得到了若干高產菌株。此項研究為新型溶栓酶進入臨床研究起到了重要支撐作用。
套用免疫PCR檢測癌症 1997 – 1998
參與了套用免疫PCR檢測腫瘤病人樣本中P53突變蛋白的研究。論文《利用免疫PCR技術檢測腫瘤疾病的初步研究》榮獲華東師範大學第六屆大夏杯學生科技作品競賽二等獎。
