由DNA介導的別構效應相關理論與模型研究

《由DNA介導的別構效應相關理論與模型研究》是葛顥為項目負責人，北京大學為依託單位的面上項目。

基本介紹

• 中文名：由DNA介導的別構效應相關理論與模型研究
• 項目類別 ：面上項目
• 項目負責人：葛顥
• 依託單位 ：北京大學

科研成果

序號	標題	類型	作者
1	Mathematical Formalism of Nonequilibrium Thermodynamics for Nonlinear Chemical Reaction Systems with General Rate Law	期刊論文	Ge, Hao(#)(*)，Qian, Hong
2	Nonequilibrium thermodynamic formalism of nonlinear chemical reaction systems with Waage-Guldberg's law of mass action	期刊論文	Ge, Hao(#)(*)，Qian, Hong(*)
3	The large deviation principle and steady-state fluctuation theorem for the entropy production rate of a stochastic process in magnetic fields	期刊論文	Chen, Yong(#)(*)，Ge, Hao，Xiong, Jie，Xu, Lihu
4	Torque-coupled thermodynamic model for FoF1-ATPase	期刊論文	Ai, Guangkuo(#)，Liu, Pengfei，Ge, Hao(*)
5	Time reversibility and nonequilibrium thermodynamics of second-order stochastic processes	期刊論文	Ge, Hao(#)(*)
6	Mechanism of Transcriptional Bursting in Bacteria	期刊論文	Chong, Shasha(#)，Chen, Chongyi(#)，Ge, Hao，Xie, X. Sunney(*)
7	DNA Structural Correlation in Short and Long Ranges	期刊論文	Gu, Chan(#)，Zhang, Jun，Yang, Y. Isaac，Chen, Xi，Ge, Hao，Sun, Yujie，Su, Xiaodong，Yang, Lijiang，Xie, Sunney，Gao, Yi Qin(*)
8	Genome-wide study of mRNA degradation and transcript elongation in Escherichia coli	期刊論文	Chen, Huiyi(#)，Shiroguchi, Katsuyuki，Ge, Hao(*)，Xie, Xiaoliang Sunney
9	入選長江學者青年學者	科研獎勵	葛顥
10	Stochastic Phenotype Transition of a Single Cell in an Intermediate Region of Gene State Switching	期刊論文	Ge, Hao(#)(*)，Qian, Hong，Xie, X. Sunney
11	Nonequilibrium Relaxation of Conformational Dynamics Facilitates Catalytic Reaction in an Elastic Network Model of T7 DNA Polymerase	期刊論文	Zhao, Ziqing W.(#)，Xie, X. Sunney(*)，Ge, Hao(*)
12	Cycle symmetry, limit theorems, and fluctuation theorems for diffusion processes on the circle	期刊論文	Ge, Hao(#)，Jia, Chen(*)，Jiang, Da-Quan(*)
13	Mesoscopic kinetic basis of macroscopic chemical thermodynamics: A mathematical theory	期刊論文	Ge, Hao，Qian, Hong
14	Macroscopic fluxes and local reciprocal relation in second-order stochastic processes far from equilibrium	期刊論文	Ge, Hao(#)(*)

項目摘要

蛋白質別構效應對於蛋白質功能的發揮以及細胞內基因調控等重要生物化學過程的實現，都起著非常核心的作用。從上世紀六十年代開始，蛋白質的別構效應無論是從實驗上還是理論上，都得到了廣泛而深入的研究；但是至今人們對於由DNA介導的別構效應還沒有十分清晰的認識。最近我們與實驗學家合作，利用先進的單分子技術，詳細研究了由DNA介導的別構效應，發現該效應隨著與DNA結合的兩個蛋白質分子之間的距離而呈現一種阻尼振盪的現象；該現象在體外和體內的實驗中均被觀測到，揭示了基因調控中的又一層複雜性。這是只有長度為幾十個鹼基對的DNA短鏈才具有的特殊性質，但是對於這類DNA鏈的理論和模型研究還十分有限。因此，我們希望可以利用若干種粗粒化動力學模型詳細研究DNA短鏈所介導的別構效應，包括DNA鏈自然漲落的空間相關性，局部形變沿DNA鏈的傳播，由組蛋白分子與DNA鏈結合而引起的相變現象等，希望進一步揭示其機制。