生物大數據(福建農林大學建設的慕課)

課程性質

課程背景

“大數據”是21世紀最火熱的辭彙之一，是各行業人士爭相追捧的利潤焦點。自1977年2月，Sanger與他的同事發表了第一個生物體的完整基因組序列以來，生物學大數據時代也宣告來臨。生物學大數據技術的戰略意義不在於掌握龐大的數據信息，而在於對這些大數據所蘊含生物學知識的提取。

課程簡介

生物大數據課程共五章，主要介紹生命科學研究及資本追逐的熱詞——生物大數據，講授其所蘊含的價值與挖掘利用技術。其中，第一章介紹大數據的基本概念、特徵與價值；第二章介紹DNA序列資料庫和NCBI資料庫檢索策略；第三章講解蛋白質資料庫的相關知識；第四章講解基因組測序技術的控制與分析等內容；第五章為上機實操實驗分析。

課程大綱

第一章緒論

第一節大數據的特徵與價值

第二節生物學大數據基本概念

BBC紀錄片人類面對大數據

第一章測驗

第二章核酸資料庫

第一節 DNA序列資料庫

第二節 NCBI資料庫檢索策略

第二章測試

第三章蛋白質資料庫

第一節蛋白質資料庫概覽

第二節蛋白質序列資料庫

第三節蛋白質模式和域的資料庫

第四節蛋白質結構資料庫

第五節蛋白質分類資料庫

第三章課件

第三章測試題

第四章基因組測序技術

第一節基因組測序技術

第二節基因組測序方式與質量控制

第三節基因組測序的組裝技術

第四節轉錄組測序與分析

第五節宏基因組測序與分析

第六節基因組測序技術的套用：來自華大的案例

第四章測試

第五章上機實操

第一節 RNA-Seq數據分析

第二節基因組重測序數據分析

（註：課程大綱排版從左到右列）

開課信息

開課次數	開課時間	授課教師	學時安排	參與人數
第1次開課	2016年10月10日~2016年12月31日	何華勤、白有煌、鮑堅東、連玲麗、薛李春、謝小芳	2小時每周	1637
第2次開課	2017年09月10日~2017年12月15日	何華勤、白有煌、鮑堅東	3小時每周	5496
第3次開課	2018年03月09日~2018年05月30日	何華勤	2小時每周	4573
第4次開課	2018年09月01日~2018年11月30日	何華勤、連玲麗、劉偉、陶歡、謝小芳	3小時每周	4410
第5次開課	2019年02月25日~2019年05月31日		4小時每周	2457
第6次開課	2019年09月02日~2019年12月31日		4小時每周	4062
第7次開課	2020年02月17日~2020年05月31日		3小時每周	4082
第8次開課	2020年09月01日~2020年12月31日		2小時每周	3273
第9次開課	2021年03月01日~2021年05月15日		3小時每周	1169
第10次開課	2021年09月01日~2021年12月31日	何華勤、連玲麗、劉偉、陶歡、謝小芳、白有煌、鮑堅東	2小時每周	待定

課程特色

課程特色之一是內容新穎。該課程是應生物基因組測序技術的發展而創建，面向新一代測序技術所獲得的生物大數據，中國國內外尚無同類課程上線，而一些大型公司更是將其作為高端收費類培訓課程。課程特色之二是主講教師結構合理。由高校教師、中科院研究人員和企業技術人員組成，強強聯合、優勢互補，使課程內容既具理論高度，又具實用價值。課程特色之三是兼具通識與專業。該課程涵蓋通識類知識點和專業類知識點，通識類知識有助於大眾學生了解生物大數據的特點、價值與套用，專業類知識幫助學生掌握生物大數據的分析技能。

學習預備

預備知識

學習生物大數據課程前，應先學習掌握普通生物學、生物化學等知識。

學習資料

書名	書號	作者	出版社	出版時間
《生物信息學（第二版）》	9787030432872	陳銘	科學出版社	2015年
《生物信息學實驗教程》	9787040444292	呂巍、李濱	高等教育出版社	2016年
《生物信息學》	9787308171472	樊龍江	浙江大學出版社	2017年
《生物信息學（第2版）》	9787117204538	李霞、雷健波、李亦學	人民衛生出版社	2015年
《大數據時代》	9787213052545	[英]維克托·邁爾-舍恩伯格等	浙江人民出版社	2013年

所獲榮譽

2019年1月8日，該課程被中華人民共和國教育部認定為“國家精品線上開放課程”。