海關總署是我國負責組織和管理全國海關業務的國務院直屬機構。成立於1949年10月25日，為政務院組成部分，受政務院領導，並受政務院財政經濟委員會的指導。1953年起至1960年底止，海關總署劃歸對外貿易部，成為外貿部的組成部分。1960年底至1979年底止，海關總署改稱“海關管理局”，仍屬外貿部。1980年起，恢復海關總署，為國務院直屬機構。
其職權主要為： 組織並管理全國海關機構、人員編制及其業務; 貫徹執行國家有關海關的法律、法規; 制定海關管理方面的政策、規章、辦法; 參與制訂海關稅則、稅率和有關海關業務的國際條約和協定; 審理關稅的徵收減免和走私違章案件的申訴; 編造全國海關的財政預算、決算，指導各關財務工作; 編制對外貿易海關統計，指導各關統計工作; 研究和領導各關技術檢查和設備現代化工作; 管理全國海關工作人員的任免、獎懲、培訓等工作; 統一管理和調配各關的重要資產。
