海南坡鹿II類MHC位點分離及其適應性變異研究

《海南坡鹿II類MHC位點分離及其適應性變異研究》是依託浙江大學，由方盛國擔任項目負責人的面上項目。

基本介紹

• 中文名：海南坡鹿II類MHC位點分離及其適應性變異研究
• 依託單位：浙江大學
• 項目負責人：方盛國
• 項目類別：面上項目

項目摘要

項目以海南坡鹿病理檢查的富餘外周血為材料，通過利用DNA公共網路資料庫中II類MHC基因的共享數據和生物信息方法，設計海南坡鹿II類MHC位點的PCR擴增引物，並利用SSCP和測序技術，分離海南坡鹿的II類MHC位點。繼後，利用外周血cDNA進行表達功能鑑別，確定已分離獲得的II類MHC位點中的功能位點，以剔除那些不具有表達功能的假基因，從而建立海南坡鹿適應性變異研究的II類MHC分子標記系統。在此基礎上，以海南坡鹿的糞便為材料，通過對MHC位點的群體檢測和變異性分析，探索海南坡鹿II類MHC基因的適應性變異與種群復壯之間的關係，從而為繼後揭示海南坡鹿種群復壯的分子機理，提供前期工作基礎。

結題摘要

項目以一隻海南坡鹿病理檢查的富餘外周血液為材料，提取了mRNA和基因組DNA，通過利用GenBank等公共網路資料庫和生物信息技術，設計了海南坡鹿II類MHC基因的PCR擴增兼併引物。利用該兼併引物，結合本研究團隊已建立的HURRAH技術，本項目組成功分離了海南坡鹿具有表達功能的全部7個經典的II類MHC基因（1個DRA、1個DRB、2個DQA和3個DQB），並建立了MHC位點特異性分型引物，為本項目開展“海南坡鹿適應性變異研究”奠定了基礎。隨後，項目組利用先期建立的糞便基因組DNA的提取方法，完成了自海南省大田自然保護區、邦溪自然保護區和甘什嶺自然保護區採集的400餘份野生海南坡鹿糞便樣品的高質量基因組DNA的提取工作。這些群體基因組DNA經上述建立的分子標記檢測後，發現海南坡鹿具有二態的DRA、三態的DRB、二態的DQA1和單態的DQA2、DQB1、DQB2。種群水平的統計分析表明海南坡鹿的寡態MHC現象是由其近期已知的嚴重瓶頸造成的，同時揭示雖然其位點的等位基因數量較少，但等位基因的序列多樣性較高，呈現明顯的正選擇進化證據。這些結果表明，海南坡鹿仍有較強的棲息生境適應能力，並由此提示：加強海南坡鹿的棲息地就地保護是拯救該瀕危物種的主要策略之一。